孤山县成立于解放战争时期的1946年7月。

当时，根据革命斗争形势与任务的需要，辽东省委、省政府于同年5月15日决定将庄河县的孤山、黄岭子、凤窝堡、青堆区，岫岩县的东土城区、凤城县的洋河、红旗、蓝旗区以及安东县的黄土坎、龙王庙区划出，组建孤山县，并先期指派王乃峰同志任中共孤山县委副书记兼组织部长，承担孤山县的筹建工作。之后，县委书记温建平、县长王玉波、县保安团长陈文章等同志也相继到职。至同年7月1日，中共孤山县委、县民主政府正式成立，办公地址在今东港市孤山镇街里。

根据中共中央《关于清算减租及土地问题的指示》（即“五四”指示），中共孤山县委、县民主政府成立后，便不失时机地发动和领导全县贫苦农民开展了“五四”土改运动，许多翻身农民分得了土地和斗争果实。同时，针对当时尖锐、复杂的敌我斗争形势，孤山县委、县政府还积极建立和发展地方武装，迅速组建了各区保安中队和由近千人组成的县保安大队（后改编为保安团）。其间，县委还通过宣传，不断扩大共产党在本地区的影响，秘密发展了一批共产党员。全县除洋河区外，其他各区均很快建立了党支部。

1946年10月下旬，国民党调集重兵向我辽东解放区大举进攻，并迅速占领了包括孤山县在内的整个安东地区。按照上级指示，孤山县党政机关及其武装被迫于同月24日晚撤离孤山县，从此开始了艰苦的敌后斗争，并付出了重大牺牲。

1947年春夏季节，随着东北战场形势的逐渐好转，国民党军队开始节节败退。同年6月中旬，孤山县获得了第二次解放，县、区干部也陆续返回工作。

二次解放后，中共孤山县委、县民主政府在极端困难的条件下，组织农民开展生产和斗争，领导全县人民卓有成效地进行了生产度荒、兴修水利、参军支前、武装剿匪、整党建党、土地改革等项工作，使全县劳苦大众真正走上了翻身解放做主人的道路。

1947年11月，孤山县设立了孤山镇，1948年5月增设了小甸子区。1949年1月，孤山县民主政府改称孤山县政府。同年6月，根据形势的发展变化，辽东省委、省政府决定撤销孤山县建制，将该县所辖的孤山镇和孤山、小甸子、龙王庙、黄土坎区划归安东县（今东港市），东土城区划归岫岩县，洋河、红旗、蓝旗区划归凤城县（今凤城市），黄岭子、凤窝堡、青堆区划归庄河县（今庄河市），孤山县至此完成了历史使命。