孢子花粉分析，简称“孢粉分析”，是利用显微镜对沉积物中的种子植物的花粉粒、孢子植物的孢子及微形植物（藻类）进行分析的方法。

孢子花粉均为植物繁殖的细胞，其体积微小但数量很大，易于搬运和保存，而且分布非常广泛。孢粉分析就是通过对地层中的孢子花粉进行离析、鉴定、分类并统计所含类别的百分含量等途径来研究它们的组合特征、演化规律等，以应用到地层的划分和对比及古气候学和古地理学等许多方面。