孙玉菡于1994年加入
政务职系,2019年晋升为首长级乙一级政务官。他曾在多个决策局及部门服务,包括前财政科、前政制事务局、前库务局、民政事务总署、民政事务局、公务员事务局及食物及卫生局。他于2011年出任
食物及卫生局副秘书长(卫生),2012年出任医疗规划及发展统筹处处长,2017年出任
财经事务及库务局副秘书长(财经事务),2020年12月出任
劳工处处长。
2022年6月19日,根据香港特别行政区第六任行政长官李家超的提名,国务院任命了香港特别行政区第六届政府主要官员:任命孙玉菡为劳工及福利局局长(于2022年7月1日就职)。