孝文帝太和元年，举孝廉出身，对策于
中书省。中书监
高闾早知其名，称赞“英才善谈”，荐为中书博士，又转为皇宗博士。
高闾奉命整理雅乐，让孙惠蔚便参与其事。乐成后，
高闾上书朝廷集中知名之士，共同探讨是非取舍。秘书令李彪博学善辩，提出许多难题。高闾让孙惠蔚与李彪抗辩，终于难不倒孙惠蔚。
黄门侍郎张彝每次上书论事，也经常听取他的意见。当时，孙惠蔚与
李彪都以儒学闻名。后来，
李彪官至尚书，孙惠蔚仍任
太庙令。故孝文帝曾有所感地说：
李彪身登龙门，孙惠蔚官职低下而不计较，一方面自感对不起他，另一面更加崇尚儒者。
宣武帝延昌二年后，历官
中散大夫、
黄门侍郎，代
崔光为著作郎。但无所著述，“唯自披其传注数行而已”。因其有侍讲之劳，封为
枣强县开国男，食邑二百户，官至
光禄大夫。负责整理典籍后，迁国子祭酒、秘书监，仍知史事。卒于任上，时年六十七岁，赠大将军、瀛州刺史，谥号为戴。
孝文帝
元宏出于政治上的需要，自平城迁都洛阳，实行与汉族同化的政策。下令设立国子太学、四门小学。亲自带头，不管坐车骑马都不忘讲经论道，倡导儒业。后继者
元恪也下令经营国学，建立小学于四门，大选儒生，备员四十人，以为小学博士。
宣武帝
元恪即位后，他以
秘书丞之职到东观察看，鉴于国家图书馆典籍不全，提出应加以全面的整理。他指出，《六经》、百子，图书秘籍，是“承天之正术，治人之贞范”。《诗》教，可以使人温柔敦厚；《书》教，可以疏通知远；《乐》教．可以广博易良；《易》教，可以洁静精微；《礼》教，可以恭俭庄敬；《春秋》之教，可以属辞比事。所有这些，关系到“敦风美俗，安上靖民”，国家根基的巩固，帝王盛世的永存。他在给皇帝的上表中奏道：“观、阁旧典，先无定目，新故杂糅，首尾不全，有者累帙数十，无者旷年不写。或篇辑脱落。卷目虽多，全定者少，臣今依前丞臣卢昶所撰《甲乙新录》，欲裨残补阙，损并有无，校练句读，以为定本，”为完成这一浩繁的工程，请求朝廷调集四门博士和在京的儒生四十人，在秘书省专门详细地校勘和考定，并参定字义。这个主张得到朝廷的批准和施行，从而为典籍的整理和保存奠定了良好的基础。
原名孙蔚，因在宫内侍讲，夜间议论佛经，很得
元恪的赏识，特别下令加上“惠”字，号称“惠蔚法师”。自魏初以来，儒生寒宦，孙惠蔚最为显达。