2003年到
安徽新华学院任信息工程学院院长，中共安徽
新华学院党委委员。曾任教育部全国高等学校计算机基础课程教学指导委员会委员、安徽高等学校计算机教学指导委员会副主任兼秘书长、
安徽省教育厅高等学校计算机水平考试专家委员会副主任兼秘书长、安徽省石化厅高级工程师评委，现任
安徽省教育厅（高教处）计算机教育系列教材编写委员会主任、安徽省教育厅教育网络技术指导委员会委员、安徽省教育厅计算机水平考试专家组名誉组长。
孙家启长期从事高等学校教学、科学研究和指导研究工作，主讲了《程序设计基础》、《微型机原理及应用》、《软件技术基础》、《
计算机网络基础》等多门课程，从事“计算机网络安全”、“城市规划MIS”等研究方向；培养了20余位计算机应用硕士研究生，发表学术论文多篇；主持并参加完成科学研究项目6项，其中两项“城市道路规划、两证一书软件系统”、“化肥厂综合信息管理系统”分别获得
安徽省科技进步三等、四等奖，在
高等教育出版社、
中国科学技术出版社、
机械工业出版社、
安徽大学出版社等6个出版社编写出版计算机类教材56本（主编22本），其中《计算机系统及应用》是国家统编教材，《计算机文化基础教程》、《计算机网络》被评为省级“十一五”规划教材；主持并参加完成国家、省部级重点教学研究课题4项，其中“工科基础课程教学中加强素质教育和培养创新意识的研究与实践”是国家教育部重点课题已结题，《新世纪高校计算机教育教材建设的改革研究与实践》是省教育厅重点课题已结题，《安徽高等学校计算机基础教育改革与建设》、《高等学校计算机课程体系的建构及教学模式的创新》两项课题均获得省级教学成果一等奖。
孙家启于2003年加盟
安徽新华学院，创建安徽新华学院第一个二级学院━━信息工程学院（现下设计算机科学与技术系、信息科学系），2005年主持并成功申报“
计算机科学与技术专业”工作。现学院有3个本科专业及6个专科专业，在校生3284人，专兼职教师81人（其中高级职称21人），专业实验室8个，面向全校计算机基础教育的计算机中心（有微机1200余台）1个，校内IT实习实训基地1个，校外已签定协议且挂牌为“
安徽新华学院信息工程学院实习基地”2个，省级教学科研课题3项，校级教科研项目15项，精品课程4门，主编或参编正式出版各类教材20余本（其中有5本为省级“十一五”规划教材）。