孔林书院是位于中国广东省南雄市的一所古书院，创建于北宋建隆三年（962年），至明成化后日渐衰落。它是南雄州的第一所书院，也是岭南第一所书院，其创办之早在全国亦名列前茅。孔林书院的创办者是孔子第四十一代孙孔闰。他是广东唐代38名进士之一，也是浈昌县（今南雄市）举进士的第一人。

孔林书院位于距离广东南雄市区30多公里的平林村，这里是孔子后裔村，是岭南孔氏的发源地。村中孔氏的先祖在五代十国时期，为躲避战乱而隐居于此。孔林书院由孔子后裔孔闰创办，是岭南最古老的书院。

孔林书院建于北宋建隆三年（962年），建成后对岭南教育发展起到了很大推动作用。但由于孔林书院属民办书院，生源主要来自附近村庄，财力也只得孔氏一家资助，得不到官府扶持，再加上地处偏僻山区，自明成化以后，南雄先后有官办书院四间，都在南雄城内，孔林书院相形之下日渐式微而终废。

2012年，100多名来自广州、肇庆、佛山、南海等地的孔子后裔齐聚平林村，共同商讨拟修复北宋孔林书院。

孔林书院的创办者是孔子第四十一代孙孔闰。他是广东唐代38名进士之一，也是浈昌县（今南雄市）举进士的第一人。

据南雄孔氏族谱和南雄州志记载：孔闰，字怀清，生于唐禧宗甲午元年（874年）五月初日。孔闰幼聪嗜学，涉猎经史，为景福元年壬子科举人，癸丑连捷进士及第。后值五代乱离，历登显宦，官至朝散大夫，迁袁州刺史。后以海内骚乱，不屑就职，因寓居吉州泰和县石禾场十年。宋太祖建隆庚申元年（960年）挚家归隐南雄府平林村祖居，壬戌三年创建孔林书院，装塑圣祖遗像，买田五十五亩，地名陇头，收租为春秋设奠之需。孔闰年九十一卒于宋太祖干德甲子二年十一月二十日（964年）。

孔闰墓仍存，在双坑大兰羊角岭冲天凤形山半山腰。墓为半圆拱形，用红砂质岩条石砌叠而成，高1.7米，宽1.6米。墓碑为后人重立，碑高80厘米，宽40厘米，刻有“孔闰墓”三字。

据史料介绍，孔林书院面积约800平方米，为三进，后进为大成殿，内供孔子塑像，有东西两庑，中进为大成门，前进为书院的大门，四周有围墙。历时260多年后，南宋绍兴年间，四十七代孙孔振玉重修书院，规模有所扩大，大成殿由一层升为两层。由于年代久远，这些建筑已经无存。

古时书院有夫子厅，内供孔子像。每年州县官员都要来此祭孔，轿马成行，甚为庄重。明建文元年（1399年）南雄城创建大成殿后，孔子像迁至南雄城大成殿安放。此后，州县官员便不再到孔林书院祭孔。

明代，孔氏后裔孔伯道弘扬先辈耕读精神，倡导节俭，便在书院附近建起了惜字塔。此塔造型精巧，塔身是六角形，为三层楼阁式空心砖塔，高7.4米，基围7.2米，底层直径2.9米；塔基用花岗石所筑，塔身用青砖平卧顺砌。此塔首层用线砖砌叠出檐，南北两面距地0.8米处各开一小门，是焚烧字纸的入口；第2层塔身各面开一梅花形扇，菱角砖和拔檐砖相间；第3层塔身每面各开一圆形窗，塔顶覆盖灰色筒瓦和板瓦，塔刹为葫芦形。有的塔砖上打印有“孔伯道公祠碑”戳记，这表明建塔时所用的砖是特别烧制的。惜字塔至今（2012年）仍存。

另外村中还存有一石匾，长1.8米，宽0.5米，厚0.2米，一面刻“务本敦伦”、一面刻“高山仰止”。应为书院遗留之物。

孔林书院对岭南文化教育事业的发展起到了重要作用。孔林书院创办后，直至明成化十一年(1476年)南雄州才创办大中书院。在这510多年间，孔林书院是南雄州唯一的书院。南雄州学始创于宋庆历四年(1044年)，尚比孔林书院晚了80多年。

孔林书院当时不仅接受本族子弟，也接受附近村庄一带人求学，一时南雄一带“耕读成风，人文蔚起”。据南雄县志记载，宋代，保昌县人口约5万，举进士103名（含特科64名），为粤北之冠。同一时期，与其相邻的江西大余县仅21名，而韶州府所在的曲江县也才23名。

孔林书院周边的古城、上朔、延村等村，宋代耕读之风尤炽，负笈求学者众，人才辈出。古城一村在宋代就举5名进士，平林村举进士的有孔绍旦、孔绍祖（孔闰之后），延村举进士的有冯应之、冯迁，上朔村举进士的有彭自明、彭演。