1945年10月东北人民自治军嫩江军区成立，王明贵任司令员，刘锡五任政委。

1945年12月6日，东北局西满分局和西满军区在郑家屯成立，李富春任西满分局书记，吕正操任西满军区司令员，李富春任政委，黄克诚任副政委。1946年3月吕正操调任东北民主联军副总司令，黄克诚任军区司令员，1946年5月，西满分局和西满军区迁住齐齐哈尔。嫩江军区隶属于西满军区，1947年9月西满军区撤销。

嫩江军区组建初期辖2个警备旅和3个军分区。