元世祖至元十四年（1277年），徽州升徽州路，辖县不变，隶江浙等处行中书江东建康道肃政廉访司（即
江浙行省），治杭州路。元成宗年贞元年（1295年），升婺源县为州。徽州路领县五，即歙、黟、休宁、祁门、绩溪；州一，即婺源。元顺帝至正十六年（1356年），小明王韩林儿升朱元璋为江南等处行中书省平章，徽州路隶江南等处行中书省。次年（1357年）七月，改徽州路为兴安府，仍领县五、州一。至正二十七年（1367年），朱元璋改兴安府为徽州府。明太祖洪武元年（1368年），朱元璋建立明朝，徽州府直属中书省。洪武二年（1369年），降婺源州为县，
徽州府仍领六县，即：歙、黟、休宁、绩溪、婺源、祁门。明太祖洪武十三年（1380年），罢中书省，徽州府直属六部。