姚僧垣自幼好学，博览文史。年二十四，即传家业。梁武帝召其入禁中，讨论医学，酬对无滞。时武陵王所生葛修华，宿患积时，方术莫效，梁武帝乃令其视之，获愈。武帝誉曰：“用意绵密，乃至于此，以此候疾，何疾可逃？”
大通六年（534年），解褐临川国左常侍。大同五年（539年），任骠骑庐陵王府田曹参军。九年（543年），还领殿中医师。十一年（545年），领大医正、文德主帅、
直阁将军。
武成元年（559年），授小畿伯下大夫。北周天和元年(566)，加授
车骑大将军、
仪同三司。六年，迁
遂伯中大夫。医术高妙，用药审慎精当，治武帝发热病，谓大黄乃是快药，不宜轻用。武帝不听，以致危笃。后梁元帝病，众太医均力主用平药，惟僧垣主张“非用大黄，必无差理”，服后愈，赐钱百万。从此医声大振。
建德三年(574)，文
宣太后患病，医巫各执一词，决持不下。北周武帝请姚僧垣诉以实情，僧垣坦言太后已无多日，不久果然去世。武帝授以
骠骑大将军、
开府仪同三司。
建德四年（公元575年），北周高祖亲戎东讨，至
河阴遇疾，口不能言，脸垂覆目，不复瞻视，一足短缩，又不得行。姚僧垣以为诸藏俱病，不可并治，军中之要，莫先于语，乃处方进药，帝遂能言，次之又治目，目疾愈，末乃治足，及至华州(今陕西省华县)，足疾亦廖。任华州刺史，仍随入京师。
宣政元年(578)上表请归，上允其致仕。宣帝即位，封僧垣为长寿县公，食邑1000户，又赐金带及衣服等。大象二年(580)，任太医大夫。周静帝嗣位，迁上开府、仪同大将军。隋开皇初，进爵
北绛郡公。卒后赠荆湖二州刺史。