奉天旗务司，机构名。清末奉天行省公署所属七司之一，掌全省旗人事务。

凡前盛京将军衙门和盛京三陵、内务府各项旗务及筹办旗人生计等项事宜，均归其办理。光绪三十三年（1907） 三月置，以原盛京将军衙门户、礼、兵各司改并，设司使一人（秩正三品）总领司事。宣统元年（1909） 六月，以“化除满汉畛域” 名义裁撤，而仿照吉林旗务处另设奉天旗务处， 统辖全省旗务， 遇事禀呈督抚办理。