太上天皇是日本一种给予退位天皇或当朝天皇在世父亲的头衔（尊号），简称上皇，相当于东亚其他国家（中国、朝鲜、越南）退位皇帝的尊号“太上皇”；而出家为僧的上皇则称太上法皇，简称法皇。然而，两者的区别是为其法律地位，律令法中太上法皇包含在太上天皇里。

持统天皇十一年（文武天皇元年）八月初一（公元697年8月22日），持统天皇让位给文武天皇，称“太上天皇”起（皇极天皇曾让位给其弟孝德天皇，但当时并未出现“太上天皇”此称号，只是临时尊她为“皇祖母尊”。另外，后来她亦重祚为齐明天皇），到江户时代后期光格天皇让位给仁孝天皇为止，共计曾有59位太上天皇。

另外，日本历史上也有过因自己的子女成为天皇或其他原因，本人没有即位而被追尊为太上天皇的例子，这种情形会称“准太上天皇”。镰仓时代后堀河天皇的父亲“后高仓院”，与室町时代后花园天皇的父亲“后崇光院”，都是适例。附带一提的是，光格天皇曾因打算对未即皇位的父亲赠与太上天皇的尊号，遭大臣的反对而发生了日本史上著名的尊号事件。

传统认为天皇在位时驾崩是不吉利的，故此天皇临驾崩前让位以进行手续接受太上天皇尊号，然后才等待去世的。例子有在位8日的醍醐上皇、在位10日的一条上皇和在位3日的后朱雀上皇。

大多数天皇在让位后很快就会奉上太上天皇尊号，但退位的天皇则不会自动加上太上天皇头衔的，如仁明天皇退位给文德天皇后1至2日驾崩时、淡路废帝（淳仁天皇）的政变废位、被废黜的安德天皇与九条废帝（仲恭天皇），其即位相对暧昧不明，太上天皇的头衔就不被加上了。

反过来，光严天皇和崇光天皇则是废位后才加上太上天皇尊号。足利义满死后，朝廷赠与太上天皇尊号，最终其子幕府将军足利义持辞去了这个封赐。正安三年正月二十八（1301年3月9日）到嘉元二年七月十六（1304年8月17日）其间，共有后深草上皇、龟山上皇、后宇多上皇、伏见上皇、后伏见上皇5位太上天皇并立，是历史上最多的一次。

在文化十四年三月二十四（1817年5月9日）光格天皇让位给仁孝天皇，是为日本最后一位太上天皇（天保十一年十一月十八（1840年12月11日）或十九（12日）驾崩）。由于从明治时代开始实行的皇室典范因不承认天皇让位的情况，因此除非修改制度，否则并无出现太上天皇的可能。

但在平成三十一年四月三十日（2019年4月30日）日本明仁天皇退位，成为了太上天皇。

大宝律令时，天皇以上者并无明文规定，太上天皇和天皇一样可以发布院宣（宣旨），这可能会影响天皇政治意向。他们也可以开设院厅、设立院藏人等机关。

平安时代末期，以天皇母子关系为基础的摄关政治瓦解，以天皇父子关系为基础而设置的上皇施行院政开始。历史上有名的上皇多属于这个时期。当时对这些对不在位但掌握实权的上皇称为治天之君（日语：ちてんのきみ）。