天然宝石（natural gem）是由自然界产出，符合宝石定义的物质，按照组成和成因不同可分为天然晶体宝石、天然玉石和天然有机宝石三类。

天然晶体宝石是由自然界产出，具有美观、耐久、稀少性，可加工成装饰品的矿物单晶体或双晶。

天然宝石的品种很多，宝石科研鉴定工作者往往用矿物学的分类方法对宝石进行族、种、亚种的细分，而宝石贸易界习惯对宝石进行高档、中低档的划分，还有的将宝石分为常见和稀少两类。

国家珠宝玉石名称标准中，没有给出天然宝石的族、种、亚种划分方案和定义，根据国家标准，只需确定宝石的基本名称即可，在国际上也没有一个统一的概念和分类，根据珠宝玉石国家标准，没有高档、中低、常见和稀少宝石种类的划分，也禁止使用这些名称来命名宝石。

天然玉石是由自然界产出的，具有美观、耐久、稀少性和工艺价值的矿物集合体，少数为非晶质体。

玉石的具体品种主要是根据构成矿物集合体的主要矿物成分来划分的，也有一些是根据产地和传统的名称来命名的。

玉石行业习惯将玉石分为高档玉石、中低档玉石和雕刻石，但《珠宝玉石名称》国家标准没有此分类方案，在玉石命名中也是禁止使用的。公认的高档玉石品种仅有翡翠和软玉，中低档玉石主要品种有玛瑙、石英岩、青金石、岫玉等，雕刻石的主要品种有图章石(如寿山石、鸡血石、青田石等)、砚石和装饰石，其中少数品种价值很高，如田黄、鸡血石等。

天然有机宝石是由自然界生物生成，部分或全部由有机物质组成，可用于首饰及装饰品的材料。养殖珍珠也归于此类。

有机宝石是自然界生物作用形成的固体，它们部分或全部由有机物质组成，其中的一些品种本身就是生物体的一部分，如大象的牙齿、玳瑁的壳。这些生物成因的固体以其美丽的颜色、特殊的光泽和柔韧的质地，成为天然宝石家族的成员。人工养殖珍珠，由于其养殖过程和产品基本与天然珍珠的自然性及产品特征基本相同，所以也被划归为天然有机宝石。