天正六年（即1578年），伊势国的织田信雄开始在神户（不是现在的神户市）建造丸山城作为攻打伊贺的桥头堡。伊贺的地侍·百田藤兵卫等先发制人，抢先发动攻击，赶走了负责筑城的泷川雄利，放火烧毁了丸山城。这下本来就被织田信长看不起的信雄更加遭到了其他家臣的轻视。

第二年，天正七年（即1579年），织田信雄率领大约一万人的队伍，兵分两路，从名张口和马野口突入伊贺。伊贺方面做好了充分的准备，在百地三太夫的指挥下，伊贺的忍者军团很聪明地避免与信雄的部队正面交战，而是扬长避短，采用拿手的忍者战术，不断地向织田军发起袭扰。道路上，山林中，伊贺忍者神出鬼没，仅仅一天，信雄便在山地战中遭到了伊贺的迎头痛击，损失过半。

第一次伊贺忍者之乱，以伊贺忍者的全面胜利划上了句号。

天正九年（1581年）前后，织田信长在搞定了石山本愿寺之后，腾出手来，着手消灭伊贺。四月的时候，伊贺忍者中有人前来向信长投诚，撺掇信长发兵攻打伊贺。做了充分的准备之后，当年九月，对伊贺发起了正式进攻。在出发之前。信长就表明了目的：伊贺是鬼魅之国，把他烧光杀光。

织田大军四万多人，由织田信长亲自领军，率领丹羽长秀、泷川一益、蒲生氏乡、浅野长政等骁将，兵分五路进攻伊贺。织田信雄也率领了大约13000人参与。伊贺一国，面积大约三十六平方公里，人口约两万，总兵力不过四千。在这种情况下，伊贺似乎已经被逼上了绝路，只有死战到底。伊贺国人不分男女老幼，不分僧侣忍者，全都与织田大军展开了惨烈的搏杀。

伊贺忍者还是采用了拿手的忍者战术，但织田信长对忍者的战术早有所准备，并加强了戒备，再加上有伊贺叛徒的协助，加上巨大的兵力优势，伊贺各地的忍者家族相继战败，一个个堡垒先后失守，到处都有火焰在燃烧，到处都有杀戮在发生。忍者，百姓，僧侣，不分男女老幼，一个个倒在了血海之中，伊贺成为了一片焦土。

最后的战斗发生在柏原城。柏原城是上忍泷野十郎吉政的居城，聚集了最后的两千余人。织田军以三万大军包围了这座小城。就在大家都认为第二天就能攻下这小城的时候，出人意料的是，伊贺忍者居然在上忍泷野十郎吉政的带领下，向织田信长投降了。更出人意料的是，织田信长居然爽快地接受了忍者的投降而没有赶尽杀绝。原因为何，无从所知。

以柏原城的投降为标志，第二次天正伊贺之乱以伊贺的惨败告终。

终究，织田军还是没有把伊贺人赶尽杀绝，但伊贺毕竟还是受到了毁灭性的打击，作为领导核心的“三上忍”，除了服部家早就离开伊贺，另外两家中的百地三太夫战死，藤林保丰不知去向。忍者的自治联盟也被摧毁，大多数忍者不得不亡命他乡。

天正十年（1582年），本能寺之变后，散落在各地的忍者纷纷投奔明智家，想要向织田复仇。但被寄予厚望的明智光秀没过多久便被织田信长的部下丰臣秀吉和柴田胜家击败，在逃亡途中被山贼杀死。站错队的忍者们自然没好果子吃，本来就没有多少人，现在就更少了。