天启六年（1626年）五月初六日京师王恭厂大灾变造成了巨大的社会损伤与混乱。魏忠贤对东林党残酷迫害的特殊时期赋予了这次灾变非同寻常的政治意义。它增添了东林党抗争的道德色彩，凸显了魏忠贤的残暴和无道，诱发了阉党的分裂。然而，这非但无损于魏忠贤的权势，反而使皇帝对他更加倚重，对士人则更加鄙薄和厌恶，对官僚集团更加不信任。这种权势与道德分离的加剧实质上是明末君臣矛盾无法调适的反映。

晚明之际，政治黑暗，统治阶级内部党争日益激化。起先是官僚集团因“争国本”事件而分裂，接着科道官、吏部与内阁之间的权力斗争又加剧了分裂。到万历后期，“朝士分党，竞立门户”，朋党政治由此形成。各政治势力不断分化组合，至天启、崇祯年间演变为东林党与阉党两大政治集团的对抗。

晚明政坛出现多种朋党名目，各朋党之间有勾心斗角，又有合作联盟，大致形成东林党与东林党反对派、阉党的政治分野。东林党原是以东林书院为主要阵地、以讲论道学为宗旨的讲会结社。他们在讲学之余“往往讽议朝政，裁量人物”，“朝士慕其风者，多遥相应和”，于是变为一个政治派别，被敌对势力斥为“东林党”。早期东林党人多与创始人顾宪成关系密切，与东林书院多有渊源，“他们之中绝大多数在宦途上的共同经历是争国本、争京察、攻首辅”。就核心集团来说，东林党不仅是政敌指目的朋党名号，也是旨在捍卫伦理道德、有着共同政治利益的政治团体。

由于得罪明神宗和当权派，东林党长期闲居林下。然而他们始终怀有践行清明政治的理想，与浙党、昆党、宣党、齐党、楚党等反对派坚持作斗争，为集中力量打击政敌，万历后期又与秦党、晋党、江右党等地域性朋党联合。由于东林是清流象征，“东林党”遂成为这些政治势力所共有的名号。泰昌、天启之交，先前拥护太子朱常洛的正直派官员受到重用，东林党人相继被召还朝。由于杨涟等东林人士对熹宗顺利即位起了重要作用，东林势力更盛，完全掌控朝政。“海内共以为贤者，不惜破格用之”是东林党一贯用人主张，东林党掌权以后，广泛援引正直派朝士为官，此时的“东林党”已演变为正直派朝士的一面旗帜。清初史家谈迁描述天启初的明朝政局说：“天启初，东林独胜。起邹元标，而江右亦东林也。江夏熊廷弼，原江右籍，楚亦东林也。福清叶向高、归德侯执躬，秉权趋风，天下咸奔走焉。仕途捷径，非东林不灵。”

万历、天启两朝各党派斗争形式大体有廷推阁臣、京察大计、言官攻劾三者，偶尔有些事件，也会被诸党借用攻击异己。

所谓廷推阁臣，主要是因为先任阁臣致什辞职，致仕内阁缺员，在征得皇帝同意后朝廷内部开始从六部重臣，京外重臣，及威望老臣间推选。由于阁臣地位尊崇，每次廷推阁臣都会成为党争的战场之一。

各党派党争的另一大主要方式便是京察。京察，是考察在京官员有无作为，以作为其升迁贬谪的重要依据。外官考察称为外察，又称外计。朝官四品以上京察后，或升或黜，由皇帝亲自裁决。而神宗怠于政事，对官员的升黜，不免为廷臣言论所左右，或者任情用事，轻易裁处。臣僚乘机徇私毁誉，平时积累的恩怨都在京察中暴露出来。相互对立的官员，则在京察中，结援回党，与对手一决胜负。万历二十一年癸巳京察以后的四次京察，大都演为群臣的大搏斗，一批又一批的大臣被罢免，京察之时往。往也是党争最烈之时。

各党党争的第三种重要方式，便是利用科道言官攻劾。明代给事中、御史谓之科道，专门负责纠劾六部官吏及纠正皇帝言行，后来由于万历年间吏治腐败党争纷起，致使言官也深陷门户，党同伐异，“建言者分曹为朋，率视阁臣为进退”。由此更加加剧了党争之祸。而诸党之中，有些关键人物，甚至是党魁，都是给事中、御史等。另外，许多党党魁也是因受不了言官的攻讦而辞职。万历三十三年的沈一贯便是一例。

除了这三种主要的方式之外，一些偶然事件，也可见党争之影。比如万历三十一年，楚宗案及其后的妖书案:万历三十八年韩敬科场弊案:而挺击、红丸、移宫三案更是连续万历、泰昌、天启三朝，成为诸党相争的工具。

在晚明党争愈演愈烈的形势下，朝廷党争与明清战争之间的张力没有缓解，反而逐渐沦为恶性循环的死结。但凡勇于担当、尽心为国、任劳任怨的辽东边臣，往往没有好下场。熊廷弼与袁崇焕都是为清军所忌惮的能人，可是都未死于战场，而死于朝廷党争，堪称自毁长城、亲者痛仇者快的悲剧。而失守封疆的无能之辈如杨镐、王化贞却因为有党羽的庇护，在狱中苟活多年。党争使得功罪倒衡，贤良被害，边才日益凋零，辽东边防因而逐渐陷入无法挽救的绝境。

明亡之后，南明弘光朝廷中，阉党余孽马士英、阮大铖专权误国，排挤与己不合的东林人士史可法，迫使其出镇扬州。后来又将南明重兵用于对付左良玉，在清军乐境之下，扬州没有援兵，最终扬州城险，南明覆灭。这可谓是党争遗祸之二了。

党争造成官僚集团的内讧和分裂，门户之见凌驾于国是之上。孟森敏锐地指出：“至边事既起，各立门户之言官，以封疆为逞志之具，将帅之功罪、贤不肖悉淆混于党论，而任事者无所措手足矣。建州坐大，清太祖逐（遂）成王业，其乘机于明廷门户之争者固不小也。”

剧烈而持久的党争是晚明政局的突出特点。党争造成官员集团的分裂和内讧，辽东边臣也被卷入党争之中，其军事行动和个人命运深受党争影响。政治立场取代军事才能成为明朝选拔辽东边臣、评判将帅功罪的主要标准。天启前期袁崇焕守辽活动的开展离不开东林党的支持。袁崇焕自视为清流官员，长期坚持同阉党作斗争，天启末年为顾全辽东抗金大局和躲避政治灾祸，又一度转而与阉党合作。明清战争是影响朝廷党争的重要政治因素。袁崇焕的个人命运是朝廷党争和明清战争相互作用关系的最好注脚。