大豆球蛋白分子聚合度在2000左右。其中有12个亚单位，每一亚单位也是一个球状多缩氨酸分子链。这些亚单位中，呈酸性的亚单位(分离后带羧基)共有六种，命名为AS亚单位;呈碱性的亚单位(分离后带醇基)有4种，命名为BS亚单位。每种AS亚单位与另一种BS亚单位结合成为一种中间亚单位，即AS-BS，命名为中间亚单位IS。这些中间亚单位IS共有6种(6种AS中的每一个对应4种BS中的特定的一个)。酸性亚单位的分子量为30000～34000。碱性亚单位的分子量为20000～28000。中间亚单位的分子量为53000～58000，中间亚单位球体呈直径2.2nm，长约7.5nm的圆柱形。

生长习性

大豆球蛋白是一种不均匀的蛋白，有复杂的多晶现象，对构成四级结构有重要作用。11S蛋白组分则比较单一，只发现一种11S球蛋白即大豆球蛋白，分子量为300-360kDa，它是由6个酸次单元体及6个碱次单元体所组成的非糖蛋白，等电点为6.4。其酸次单元体比碱次单元体中的组氨酸、脯氨酸及肤氨酸含量多；碱次单元体比酸次单元体的疏水性氨基酸含量多。11S蛋白质含较多的赖氨酸和少量的甲硫氨酸（蛋氨酸），疏水性与亲水性的氨基酸比例分别为23.5%和46.7%，与7S蛋白质类似，其四级结构也非常复杂，且构型易受pH值、离子强度、温度等条件的影响，其本身易发生凝集聚合和解离反应。