晋许询舍宅建，号祇园寺。
唐会昌废。吴越王
钱镠时（907～978），观察使钱仪复建，号圆觉寺。
宋咸平六年（1003），改赐承天寺。北宋政和七年（1117），改名能仁寺。同年，又敕改神霄玉清万寿宫（
道观）。南宋建炎年间（1127～1130），迁长生太君像于天真观，复能仁寺。为别于能仁院，称大能仁寺。元初毁。
元至正时（1341～1368）重建。
明嘉靖三十年（1551），东南沿海
倭寇为患，有司议售诸寺院以资军响，能仁遂废。大学士吕本以其地建别墅，名樛木园。崇祯十五年（1642），郭德公以三千金购而复为寺，仍名大能仁寺。康熙四十五年（1706），僧德禧募资重修，复旧观。寺内有大殿、天王殿、
伽蓝堂、
禅堂、僧舍。殿内奉安大佛、
罗汉、
韦驮、天王佛像，规模宏伟，为禅林名刹，
临济宗派活动中心。民国29年（1940），有僧10余名。36年，有僧5名。