明治二十六年(一八九三年)一月，海军提议设置独立于海军省的海军参谋部。对此，陆军坚决反对，理由是中央军令机关并列，设两个
参谋长的制度会给军令统一造成混乱。当时陆主海从思想占统治地位，海军对此十分不满，因而，陆海军之间从此就产生了对立的萌芽。
天皇对事态很忧虑。陆海军首脑根据天皇之命多方进行协商之后决定，海军设高等参谋部，同时制定战时大本营条例，大本营的参谋长即是参谋部的参谋总长。
大本营（日本语：だいほんえい）是
甲午战争（日本语：日清战争 にっしんせんそう）到
太平洋战争（日本语：たいへいようせんそう）期间大
日本帝国陆海军的最高统帅机关，能够以大本营命令（大本营陆军部命令或大本营海军部命令）形式发布
天皇（てんのう）敕命，是直属于天皇的最高司令部。
1893年（明治26年）5月19日，
明治天皇（めいじてんのう）颁布了《战时大本营条例》。
甲午战争爆发后的1894年6月5日，正式设置了大本营。同年9月15日，天皇和大本营都移到
广岛，称为“广岛大本营”。1896年4月1日，大本营奉诏解散。
1903年，《战时大本营条例》做了修改，在战争时期，海军军令部长和
陆军的参谋总长都被视为幕僚长，
陆海军的军令部门在战时也保持对等地位。
日俄战争期间，大本营设置于1904年2月11日，解散于1905年12月20日。
抗日战争爆发初期，由于中日两国都没有正式向对方宣战，于是在1937年（
昭和12年）11月18日，根据敕令第658号废止大本营只能在战时设置的规定，另颁大本营令（昭和12年军令第1号）规定大本营在发生事变时也可以设置。11月20日，依新令设置了大本营，这次设置的大本营一直到太平洋战争结束后的1945年9月13日为止。
大本营会议由天皇、参谋总长和次长、军令部总长和次长、参谋本部第1部长（负责作战事务）和作战课长、军令部第1部长和作战课长组成；
陆军大臣（りくぐんだいじん）和
海军大臣（かいぐんだいじん）列席会议，但没有发言权。大本营中不包含
内阁总理大臣（ないかくそうりだいじん）、
外务大臣（がいむだいじん）等政府文官（小矶内阁时期，首相曾例外地成为大本营的成员）。