1545年，他的父亲去世，母亲在他未成年时担任摄政。在他的童年时期，他年迈的曾祖母，菲利普·德·格德司于1547年去世，也把她的遗产留给了年轻的夏尔。他的王朝宣称拥有耶路撒冷王国，并以卡拉布里亚公爵的头衔来象征他们对那不勒斯王国的要求。此外，他们还拥有从格德司公爵埃格蒙特的查理那里继承的格德司公国的权利。
1552年，洛林被法国入侵，母亲的摄政权被终止，根据法国利益的需要，将夏尔从洛林迁往法国，在法国王室养育，1559年，夏尔与法国的
克洛德公主结婚，获准启程前往洛林，控制自己的领地。
夏尔三世在位期间，被认为是洛林和平与繁荣的伟大时代。他在法国和神圣罗马帝国之间，以及在法国宗教战争期间，奉行严格的中立政策。他创办了庞特穆松大学。1590年从帕拉丁伯爵格奥尔格·约翰一世手中接过普法尔茨堡，扩大了自己的领地，并试图征服吕策尔施泰因，尽管格奥尔格·约翰一世的遗孀瑞典的安娜设法与他达成了休战协议。
1589年，他打破了中立政策，与法国天主教联盟结盟，因为他作为一个天主教徒，不能接受信奉胡格诺派的纳瓦拉的亨利为法国国王。1594年，他在与
亨利四世的和平中，让儿子亨利迎娶了亨利的妹妹卡特琳·德·波旁。