复旦大学附属中山医院厦门医院（简称“复旦中山厦门医院”）是
复旦大学和厦门市人民政府合作建设的一项重大民生工程项目，是厦门市委市政府为补齐厦门市医疗短板、解决市民疑难重症而建设的一家医院。医院由厦门市人民政府全额投资，位于中国福建省厦门市湖里区金湖路668号，占地面积6.22公顷，总建筑面积约17.5万平方米，是一所由
复旦大学附属中山医院（简称“复旦中山医院”）全面运营管理的高水平公立综合性三级医院。
2014年8月8日，
厦门市人民政府和复旦大学签署《合作建设运营“复旦大学附属中山医院厦门医院”协议书》，共建复旦大学附属中山医院厦门医院。
复旦中山厦门医院和复旦中山医院保持同质化管理，临床及医技辅助等业务科室负责人均为复旦中山医院各学科资深专家，上海总部的行政职能部门负责人则是复旦中山厦门医院相应职能部门的第一负责人，确保实现医教研及管理水平的同质化标准 。同时，两院采用相同的信息化管理系统，开通远程查房、远程会诊平台和疑难重症患者转诊的绿色通道，以期实现两地医疗诊治的无缝对接。
为了保证“原汁原味”的复旦中山医疗服务，上海复旦中山医院的科室主任，每月至少来厦一次，为患者实施手术和看诊。同时，上海复旦中山医院也派遣了约110名专家常驻厦门，其中不少是国内“一号难求”的大牌专家，这支“嫡系部队”在常驻厦门的同时也要定期回上海上班，并参加学术讲座和培训，以便不脱离上海的专业氛围和学术土壤。除了阵容庞大的上海“嫡系部队”，复旦中山厦门医院也在全力打造自己的生力军。医院招录的新员工，入职前均需在总部进行严格的住院医师和专科医师规范化培训，接受总部良好的业务训练，传承总部先进医疗技术。目前已有近300名在上海总部完成学习培训的医务人员回到厦门，在临床
医技科室发挥了重要作用。
复旦中山厦门医院以“大专科、小综合”为发展特色，依托上海总部复旦中山医院18个国家级重点专科，突出的重点优势专科包括心内科、心外科、肝肿瘤内科、普外科、内镜中心、胸外科、
血管外科、呼吸内科、肾病科、消化科等。同时，医院致力打造疑难重症诊治中心，与厦门市现有医疗机构错位发展。医院已开放约40个临床及医技科室，同时拥有
樊嘉、
葛均波2个院士工作站和12个名医工作室，高难度手术总占比超60%，不断问鼎“塔尖”技术，获得了厦门及周边地区患者的认可与好评。
医院设立了三大技术平台：综合内镜手术治疗平台、综合介入手术治疗平台、危急重症平台。建立了两大专科平台：消化疾病专科平台、泛血管专科平台。医院还将总部先进成熟的MDT模式带到厦门，借助远程会诊系统开通了沪厦两地多学科综合诊疗服务（MDT），提升了疑难重症救治水平。