复旦大学科学技术研究院成立于2018年6月11日，是复旦大学主管全校科学技术研究工作和科技创新能力建设发展的业务部门。

2018年6月11日，复旦大学科学技术研究院正式成立。副校长金力出席成立大会并讲话。副校长周亚明代表学校宣布复旦大学科学技术研究院成立并宣读了由许宁生校长签发的院领导班子成员名单。

复旦大学科学技术研究院成立复旦大学在推进世界一流大学和一流学科建设、加强科技能力创新进程中迈出的跨越性一步，是学校面向国际科技创新、国家创新战略、上海科创中心建设的形势和要求，整合学校相关资源，加强管理职能，推进职能转变的又一重大举措。

科学技术研究院整合了原有科技处、医学规划与科研管理办公室和军工科研办相关职能，将作为主管全校科学技术研究工作和科技创新能力建设发展的业务部门，统一负责全校科技工作的管理与协调，强化组织策划，规范业务流程，为科研人员提供管理支持与服务，为学校制定科技政策提供决策依据；重点围绕加强重大项目组织、成果转化、奖励申报、国际合作等工作，进行处室的调整和设置；并通过打通科技处、医学规划与科研管理办公室、军工保密办公室，加强与资产经营公司、大学科技园等部门的协同，加强全校力量的协调和统筹，推进战略规划、学科交叉、军民融合、创新创业。

科学技术研究院由副校长、中国科学院院士金力兼任院长，设常务副院长1名、副院长4名。武利民任常务副院长，主持日常工作；艾剑良、孙逊、周曦任分管副院长。

科学技术研究院下设纵向研究处、项目管理中心、产学研合作处、技术转移中心、基地建设与成果管理处、国际合作办公室、医学科研处、军民融合研究办公室、综合办公室等9个副处级机构。其中，医学科研处接受科学技术研究院与上海医学院的双重领导。