复旦大学生物医学研究院（Institutes of Biomedical Sciences），简称IBS，始建于2004年3月，是国家985二期工程建设的科技创新平台，位于复旦大学枫林校区明道楼，拥有一流的导师、一流的科研条件和学术氛围，是培养生命科学与医学交叉型学科的科研基地。

2004年3月，复旦大学生物医学研究院（Institutes of Biomedical Sciences, 简称IBS）成立。

研究院以“转化医学”为目标，积极推动复旦大学生命 科学与医学的有机结合，建立基础科学与临床需求的紧密联系。

研究院的院训是“铭诚、卓毅、协作、拓新”。

研究院宗旨是：“健康上海人，欢乐中国人”。

研究院遵循“章鱼模式”发展，建设人才聚集高地、领衔大项目高地和做一流研究高地。

国家973项目“人类重大疾病蛋白质组学”首席科学家贺福初院士将担任院长。生物医学研究院实行平台管理委员会领导下的首席科学家负责制，管理上遵 循国际通用的PI管理模式。研究院配置了国际先进的科研设备，创建了独特的共享体制。机制上采用灵活的方式与各院系和附属医院进行共建。

研究院下设九个研究所/中心。即：基因组学与表观基因组学研究所、蛋白质组学与系统生物学研究所、药物学与结构生物学研究所、发育生物学与出生缺陷研究所、干细胞与组织工程研究所；心脑血管疾病研究中心、癌症研究中心、病理研究中心、传染病与公共卫生研究中心。此外，以研究院为载体，建立了复旦大学出生缺陷研究中心和复旦大学中国重大疾病样品库。

生物医学研究院是从事国际生物与医学交叉领域的基础研究、应用研究的科研实体。研究院将以国际生物医学的发展前沿为导向，以国家发展战略需求为动力，构建生物、临床医学和基础医学、化学、信息、材料、物理、环境等多学科高度交叉的原创性研究基地，开展具有国际领先意识和创新思想的基础研究和应用研究。以国家中长期科技规划以及国家、上海市的经济建设和社会发展设计组织项目申请和团队建设为出发点，设立的主要研究方向包括：疾病系统生物学、出生缺陷与发育生物学、疾病发生的分子机制、创新药物和结构生物学等。

研究院现拥有院士7名，PI (Principal Investigator，首席研究员)17人，双聘PI 23人，研究人员20余名，工程技术人员20余名。

已形成的研究团队包括：肝癌研究团队，传染病研究团队，蛋白质组学研究团队，基因组的进化分析及其应用研究团队，干细胞研究团队，分子细胞生物学研究团队，表观遗传学团队，结构生物学团队，病理研究团队。

截至2008年底，生物医学研究院全职人员和双聘人员共申请到国家和地方科研项目批准经费额度总计5.4344亿元，其中全聘人员（包括分时PI）共申请到1.2063亿元项目批准额度，双聘人员共申请到约4.2280亿元项目批准额度，到位经费总额约为1.1233亿元。

2008年12月底，发表署名含生物医学研究院的论文共有347篇,SCI论文311篇，总IF达1334.6，平均IF为4.3，研究论文大部分发表在跨学科的综合交叉的顶尖刊物上，包括Cell, Nat Medicine, Nat Genetics, Nature Cell Biol，PNAS, 以及一级/二级学科的权威刊物等。

据2019年2月学院官网显示，研究院成立以来，共发表SCI论文约1600篇，影响因子大于20（含CNS刊物）的论文共计22篇。其中表观遗传学团队在组蛋白修饰、非编码RNA、表观遗传调控研究、代谢和分子细胞生物学团队在乙酰化蛋白质组及共代谢通路、代谢与肿瘤研究领域居于世界前列。2014年通过的国际评估被专家称为“相关领域的研究水平已经接近美国顶级生物研究机构”。

已建成的技术平台有：蛋白质组学技术平台、分子细胞技术平台、药物与结构技术平台、基因组学技术平台、病理研究技术平台、基础医学技术平台（癌症，心血管）、公共技术平台、

重点建设的技术平台有：干细胞与组织工程技术平台、病原微生物与传染病技术平台、表观遗传学技术平台。

现已拥有价值40万元以上的大型仪器19台，包括大型质谱仪、测序仪、显微切割仪、流式细胞仪、小动物活体成像仪、小动物超声、多功能工作站、多功能扫描仪、DNA合成仪等。通过开放共享的机制，研究院将为校内外生物医学研究工作者提供高水平的技术支持和服务。

复旦大学生物医学研究院位于复旦大学枫林校区，拥有一流的导师、一流的科研条件和学术氛围，是培养生命科学与医学交叉型学科的研究生基地。研究院重点把我校上海医学院、生命科学学院、化学系、药学院、公共卫生学院及相关附属医院等院系等有机地穿插在一起，在疾病蛋白质组学、化学生物学、生物化学与分子生物学、肿瘤学、干细胞生物学、分子药理学等专业招收研究生。并且，吸纳海内外优秀博士毕业生以博士后的身份参加相关研究团队的科研工作，在高水平科研工作中对青年科研骨干进行培养。