初平三年（192年），士孙瑞与
王允共同诛杀
董卓。之后士孙瑞知道王允必定失败，京师不可久居，于是命士孙萌带着家属到荆州依附
刘表。士孙萌离开没多久，王允就被
李傕等人杀害。
汉献帝
刘协车驾东归时，遭到李傕等人的追击，王师在弘农大败，士孙瑞也被乱兵杀害。
刘协迁都许县后，追论士孙瑞诛董卓之功，封士孙萌为澹津亭侯。士孙萌与山阳人
王粲交好，即将就国时，王粲等人各作诗送给士孙萌，士孙萌也有答复王粲。（王粲的《赠士孙文始诗》保存完好，详见《昭明文选·卷二十三》）
父亲：
士孙瑞，字君荣。董卓伏诛后迁大司农，为国三老。后任尚书令，为李傕乱兵所害。