前96年,塞琉古六世为了父亲之死报仇,继承其王位并与南方王系继续内战,他在战场上击败有一半血缘关系的叔叔安条克九世,安条克九世于这次战役中战死,但安条克九世之子安条克十世继承南方王系王位,内战尚未结束。前95年,战局逆转,塞琉古六世被安条克十世击败,被迫撤离叙利亚,他退入
奇里乞亚的摩普绥提亚(Mopsuestia),在那重新建立政权,据传他在那的生活方式很奢侈。
然而当地的居民因受海盗之害所苦,无力承受塞琉古六世的挥霍,加上塞琉古六世致力于组建一支新的大军,更使税务沉重。终于叛乱爆发,塞琉古六世被包围在竞赛场内,最后塞琉古六世和他的人马在竞赛场内被烧死。