基础教育研究中心设立于2008年7月，系中国教科院综合性研究部门，设学前教育研究室、普通高中研究室、学校安全研究室、学校发展研究室、区域教育发展研究室等研究组合。
基础教育研究中心研究范围覆盖学前教育、九年义务教育和普通高中教育三个学段，侧重基础教育的政策性研究、战略性研究。多年来，中心在学前教育质量评价、
现代学校制度、学校管理创新、校长发展学校、区域教育规划等方面已有深入系统的研究，并取得了较为丰硕的成果。
未来五年内，基础教育研究中心将紧紧抓住中国教科院“深度转型”的发展机遇期，优先规划，优组力量，优化资源，优势发展，全力服务中心工作，推动基础教育改革创新，力争为中国基础教育的改革发展做出新的更大贡献。
基础教育研究中心承担“中国学前教育发展年度报告”、“中国普通高中教育发展年度报告”等多项研究项目。还与汇丰银行、亚洲基金会、日本大阪教育大学等机构开展相关合作研究。