基因诊断方法就是利用现代分子生物学和
分子遗传学的技术方法，直接检测基因结构及其表达水平是否正常，从而对疾病作出诊断的方法。
基因诊断的特点：①以基因作为检查材料和探查目标，属于“病因诊断”，针对性强。②
分子杂交技术选用特定基因序列作为探针，具有很高的特异性。③分子杂交和
聚合酶链反应都具有放大效应，诊断灵敏度很高。④适用性强，诊断范围广，检测目标可为内源基因也可为外源基因。
（1）
限制性内切酶分析法。此方法是利用限制性内切酶和特异性
DNA探针来检测是否存在基因变异。当待测DNA序列中发生突变时会导致某些限制性内切酶位点的改变，其特异的限制性酶切片段的状态在
电泳迁移率上也会随之改变，借此可作出分析诊断。
（2）DNA限制性片断长度多态性分析。在人类基因组中，平均约200对碱基可发生一对变异（称为中性突变），中性突变导致个体间核苷酸序列的差异，称为DNA多态性。不少DNA多态性发生在限制性内切酶识别位点上，酶解该DNA片段就会产生长度不同的片断，称为
限制性片段长度多态性(RFLP)。RFLR按孟德尔方式遗传，在某一特定家族中，如果某一致病基因与特异的多态性片断紧密连锁，就可用这一多态性片段为一种“遗传标志”，来判断家庭成员或胎儿是否为致病基因的携带者。
甲型血友病、囊性纤维病变和苯丙酮尿症等均可借助这一方法得到诊断。
（3）等位基因特异
寡核苷酸探针杂交法。遗传疾病的遗传基础是基因序列中发生一种或多种突变。根据已知基因突变位点的核苷酸序列，人工合成两种寡核苷酸探针：一是相应于突变基因碱基序列的寡核苷酸；二是相应于正常基因碱基序的寡核苷酸，用它们分别与受检者DNA进行分子杂交。从而检测受检者基因是否发生突变，以及是否有新的突变类型。