基因突变检测是指通过建立一系列电泳，分析DNA构象或解链特性，或者利用DNA变性和复性等特性，进行DNA突变的分析。该检测方法对肺癌、乳腺癌、结直肠癌等肿瘤患者的早期筛查、诊断及预后具有重要意义。

1．焦磷酸测序法

测序法的基本原理是双脱氧终止法，是进行基因突变检测的可靠方法，也是使用最多的方法。但其过程繁琐、耗时长，灵敏度不高，对环境和操作者有危害，故在临床应用中存在一定的限制。

2．单链构象异构多态分析技术

依据单链DNA在某一种非变性环境中具有其特定的第二构象，构象不同导致电泳的迁移率不同，从而将正常链与突变链分离出来。与测序法相比，灵敏性更高。

3．聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析技术

通过聚合酶链反应扩增出可能包含突变的基因组片段，然后利用限制性内切酶对这些聚合酶链反应片段进行酶切，电泳检测后根据酶切片段的长度差异来判断是否存在突变位点。该法一般用于检测已知的突变位点。

4．探针扩增阻滞突变系统

又称等位基因特异聚合酶链反应，是利用Tap DNA聚合酶缺少3′到5′外切酶活性，聚合酶链反应引物的3′端末位碱基必须与其模板DNA互补才能有效扩增的原理。通过设计适当的引物以检测突变基因。

5．高分辨率溶解曲线分析技术

利用不同长度或不同碱基组成的DNA序列溶解曲线不同的原理，在聚合酶链反应后直接运行高分辨率溶解即可完成对样品突变分析。该技术是一种灵敏度100%的表皮生长因子受体基因突变筛选技术，可用于体细胞突变的检测。

6．高效液相色谱法

该方法是基于发生错配的杂合双链DNA与完全匹配的纯合双链DNA解链特征的差异而进行检测的，可检测出含有单个碱基的置换、插入或缺失的异源双链片段。与测序法相比，该法简单、快速，不仅可用于已知突变的检测，还可用于未知突变的扫描。但只能检查有无突变，不能检测出突变类型，结果判断容易出错。

7．微数字聚合酶链反应

该方法为将样品作大倍数稀释和细分，直至每个细分试样中所含有的待测分子数不超过1个，再将每个细分试样同时在相同条件下聚合酶链反应后，通过基因芯片逐个计数。该方法为绝对定量的方法。

基因突变检测可用于多种疾病的早期筛查、诊断及预后判断。多种恶性肿瘤，如恶性黑色素瘤、甲状腺癌、结直肠癌、肺癌等存在不同比例的B-raf基因突变；结直肠癌、胰腺癌、肺癌等存在不同比例的K-ras基因突变。良性肿瘤的患者若是检出B-raf或K-ras基因突变，提示有肿瘤恶变的可能。PIK3CA基因突变检测，对肺癌、乳腺癌、结直肠癌等肿瘤患者的早期筛查、诊断及预后具有重要意义。