基因工程与蛋白质工程是两项不同的技术，蛋白质工程是在基因工程的基础上发展起来的，在技术方面有许多同基因工程相似的地方。

基因工程的核心技术是DNA的重组技术，也就是基因克隆技术。蛋白质工程利用供体生物的遗传物质，或人工合成的基因，经过体外或离体的限制酶切割后与适当的载体连接起来形成重组DNA分子，然后在将重组DNA分子导入到受体细胞或受体生物构建转基因生物，该种生物就可以按人类事先设计好的蓝图表现出另外一种生物的某种性状。