基因工程疫苗是将病原的保护性抗原编码的基因片段克隆入表达载体,用以转染细胞或真核细胞微生物及原核细胞微生物后得到的产物.或者将病原的毒力相关基因删除掉, 使成为不带毒力相关基因的基因缺失苗。基因工程疫苗需要构建特定的载体与表达系统，需要能够高效表达外来基因的同时保证疫苗的安全性。

20世纪末发生了一场基因工程革命，这场革命催生出第一个基因工程疫苗，这个疫苗主要针对乙肝。那个时候，科学家Hilleman和他的同事从自然感染者的血清中纯化了乙型肝炎表面抗原颗粒，并且灭活了残留着的活病毒.当时那时的疫苗并不成熟，也不能很好地投入使用。第一个疫苗问世以后，基因工程疫苗领域吸引来了众多研究者，许多病毒和细菌作为疫苗抗原的载体也积极投入研究。第一个获得许可的载体是17D黄热病减毒株，它通过将YFV 17D疫苗株的前膜蛋白（prM）和包膜蛋白（E）编码基因替换为异源黄病毒的基因,对日本脑炎病毒发挥免疫作用。再后来，基因工程疫苗的研究蓬勃发展，出现了CRISPR-Cas系统等新的研究成果，RNA引导的Cas酶在2018年已被用作操纵培养细胞、动物和植物基因组的工具，加快了基础研究的步伐。

基因工程疫苗具有大量在动物身上的实验。如一种基因工程亚单位疫苗对养殖业造成重度经济损害的鲤鱼疱疹，通过基因工程亚单位疫苗可以具有很好的效力，对鲤鱼起到一定免疫保护作用。目前已经研制出的口蹄疫亚单位疫苗可以有效防止猪的口蹄疫病毒感染，鸡传染性法氏囊病基因工程亚单位疫苗是中国兽医禽类疫苗中第一个具有完全自主知识产权的基因工程亚单位疫苗。除此之外，还有很多其他的动物疫苗正在研究中。

除此之外，对人的、具有更弱免疫原性的流感抗原表位亚单位疫苗也已经研制成功。