圣彼得堡港，由俄罗斯国家集装箱公司（NCC）经营的第一集装箱码头（FCT），是圣彼得堡港规模最大的集装箱码头，集装箱年吞吐能力为80万标准箱。

由于地处圣彼得堡市中心，第一集装箱码头的发展前景受到很大限制。该码头采取了一系列提高效率和降低码头拥堵的措施，其中包括用班轮合同管理代替了货运代理承包，提高港口使费，实施更加严格的集装箱码头免费堆存条款。尽管这些规定的出台，减少了一部分集装箱吞吐量，但码头生产力和效率却获得明显改善。

圣彼得堡港的另外一座集装箱码头是彼得罗斯码头，该码头铁路运输线路设施齐全，很少发生拥堵，航道一直在疏浚，便于船舶安全进出港，再加上管理比较灵活，服务质量较高，颇受客户欢迎。 2003 年 11 月，彼得罗斯集装箱码头经营公司与比利时安特卫普 COSMOS 公司签订合同，引进了集装箱码头电脑管理系统，在 2004 年 6 月份正式投入运行后，大幅度提高了彼得罗斯集装箱码头的经营管理效率。

在德国汉堡 HHLA 公司的积极配合和资助下，从 2003 年起，进一步扩建彼得罗斯集装箱码头，集装箱年吞吐能力提高到了 50 万标准箱，航道疏浚到水深 12 米 ，凡是能够进入波罗的海航道的集装箱船舶，今后都能进靠彼得罗斯集装箱码头。彼得罗斯集装箱码头和集装箱堆场全部配备了视频监视系统，以提高码头和堆场的保安功能。彼得罗斯集装箱码头的最大优势，是拥有可以开发利用的 100 公顷土地，这是圣彼得堡港其它集装箱码头公司所缺少的。