在12世纪,此处便有一座教堂。在1212年到1222年改为奥斯定会的圣多马修道院。1217年,海因里希·冯·莫伦根前往印度时,将多马圣物捐赠给教堂。经过多次重建(考古发掘中发现早期罗曼式建筑的遗迹),1496年4月10日,梅泽堡主教蒂洛祝圣了目前的这座
哥特式建筑。1539年五旬节主日,宗教改革领袖马丁·路德在此讲道。今天,这是一座路德会教堂。
莱比锡圣约翰教堂在
第二次世界大战中被摧毁,1950年,埋葬在那里的巴赫遗体也迁到圣多马教堂安葬。目前的哥特式祭坛,是1993年安装的,属于1968年被共产党政府摧毁的莱比锡大学的大学教堂Paulinerkirche。