土著微生物是自然农业五种基本材料之一，是以土壤为自己的栖息地，是千百年来生长在当地土壤里的微生物群体，坚守着自己生活领域的微生物。 土著微生物是由固定碳素的光合细菌、抑制病害的放线菌、分解糖类的酵母菌、在嫌气状态下有效分解的乳酸菌等几十种微生物组成的群落。自然农业不使用外地引进的微生物，同时也不使用运用机械化方式人工培养出来的微生物或加以提取分离出来的微生物。因为再也没有比长期生长在当地的土著微生物更能适应当地的环境。自然农业禁止使用工艺生产和提纯的微生物，提倡使用生活在本地区土壤的微生物群落。

土著微生物原种,将“原种”按一定比例掺拌锯屑或稻皮和泥土,以此作为猪圈的垫料 ，利用生猪的拱翻习性,使猪粪、尿和垫料充分混合,通过土壤微生物菌落的分解。在土壤中采集出一种微生物菌落，经过特定营养剂的培养形成白色土著微生物原种.应该说原种就是菌种。就好比你做馒头的酵母。你也可以用原种再继续进行培养，当然培养中不能染上杂菌，所以需要技术和设备。

（1）把采集的土著微生物原液稀释500倍与麦麸或米糠混拌，再加入500倍的天惠绿汁、生鱼氨基酸、乳酸菌等，调整水分达65-70%。装在能通气的口袋或水果筐中或堆积在地面上，厚度30cm左右为宜，在室温18℃时发酵2-3天后，就可以看到米糠上形成的白色菌丝，此时堆积物内温度可达到50℃左右，应每天翻1-2次，如此经过5-7天，形成疏松白色的土著微生物原种。

（2）在柞树叶、松树叶丛中，采集白色菌落，直接制作原种，具体方法如下：

将采集来的富叶土菌丝0.5kg与米饭1kg拌匀，调整水分到90%，放置24小时（温度20℃），此时，富叶土菌丝扩散到米饭上，将这些与麦麸或米糠30-50kg拌匀（水分要求65-70%），为了提高原种质量最好用通气的水果筐，这样不翻堆也可做出较好的原种（原原种）。

（1）在当地山上落叶聚集较多的山谷中采集

把做的稍微有一点硬的大米饭(1kg～1．5kg)，装入用杉木板做的小箱(25cm×20cm×10cm)约三分之一，上面盖上宣纸，用线绳系好口，将其埋在当地山上落叶聚集较多的山谷中。为防止野生动物糟蹋，木箱最好罩上铁丝网。夏季经四～五天，春秋经六～七天，周边的土著微生物潜入到米饭中，形成白色菌落（放置时间稍长时会形成各种颜色菌落，虽然也能利用，但最好还是用白色菌落）。把变的稀软状态的米饭取回后装入坛子里，然后参上原材料量1/2左右的红糖，将其混合均匀(数量是坛子的三分之一)，盖上宣纸，用线绳系好口，放置在温度18℃左右地方。大约放置7天左右，就会变成液体状态，饭粒多少会有些残留，但不碍事。这就是土着微生物原液。

（2）水田土著微生物采集方法

秋天，在刚收割后的稻茬上有白色液体溢出。把装好米饭并盖宣纸的木箱倒扣在稻茬上，这样稻茬穿透宣纸接触米饭，很容易采集到稻草菌。约7天后，木箱的米饭变成粉红色稀泥状态，同（1）方法，米饭与红糖以2：1比例拌匀装坛子、盖宣纸、系绳。5-7后内容物变成原液（原原种）。

在稻茬上，采取的土著微生物，对低温冷害有抵抗力，又能消除连作带来的危害，所以对水田、旱田、果树、蔬菜、猪舍、鸡舍使用时有很好的效果。