1928年11月11日，军政部成立。其前身为原军事委员会军政厅。掌管全国陆海空军行政事宜，隶属国民政府行政院。由冯玉祥任部长，张群任政务次长，鹿钟麟任常务次长。1929年4月，政务次长张群调任他职，改鹿钟麟为政务次长。5月，因编遣会议流产，蒋、冯关系紧张，冯玉祥离职，鹿钟麟代理部务。 1930年3月，特任何应钦为部长。1932年1月，国民党政府在洛阳恢复军事委员会，军政部除隶属于行政院外，同时又隶属于军事委员会。军政部长同参谋总长、训练总监部总监、军事参议院院长、海军部部长一样，为军事委员会当然委员。

国民政府军政部是南京国民政府时期掌管全国军政的中央机构，隶属于国民政府行政院。掌管全国陆海空军行政，全国总动员之筹划，管区之筹设，兵员之征募编练，军事后勤之保障等。

国民政府军政部其长官为部长，综理部务，副长官为政务、常务次长，辅助部长处理事务。下设陆军、海军、航空、军需、兵工等署及审查处、总务厅，各种委员会，由部长聘任或指派委员。1928年和1934年，先后分出海军署、航空署，军政部成为专管全国陆军行政的机关。1932年初，南京政府另设军事委员会，直属于国民政府。军政部成为有名无实的机构。1938年1月，增设军务、机械化、马政、交通、军法等司及兵役、军医等署，并分管各战区司令部、兵工厂、军医院、军牧场、军事监狱等。1946年5月被裁撤，改设国防部。