国家苹果育种中心以提高苹果产业的国际竞争力为核心，以加强苹果遗传基础理论研究、功能基因挖掘、高效育种技术体系建立和新品种选育及提高苹果品种配套技术水平为目的，坚持基础研究和应用研究相结合，加强与国内外学术界的交流与合作，全面提升原始创新、集成创新和转化应用能力，以期实现先进人才队伍，先进研究水平，先进科研成果”的整体目标。
国家苹果育种中心建成于2005年9月, 是在中央预算内专项资金资助下，在
中国农业科学院果树研究所苹果常规育种课题组、生物技术课题组和苹果栽培研究课题组的基础上成立的集苹果育种技术和理论研究、新品种选育、配套技术开发和推广于一体的苹果科技创新中心。
承担国家自然科学基金、国家863计划、国家科技支撑计划、国家重点研发计划以及农业部产业技术体系建设项目、保种专项等科研项目50余项，选育出苹果品种8个，获得植物新品种权1项，获省部级奖励2项。选育的“华红”“华月”已列入科技部农业科技成果转化项目，示范推广面积5万亩以上。“十三五”以来，中心在项目申报、人才培养、国内外合作与交流等方面均取得了突破性进展，先后立项国家自然科学基金项目6项，国家重点研发项目课题2项，授权国家发明专利2项。苹果分子辅助育种技术研究取得重要进展，组装完成了一个高质量苹果基因组，揭示了反转座子控制红苹果着色的分子机制，相关结果发表于Nature Communications（IF；12.35），该研究为今后解析苹果抗性分子机制奠定了重要基础。