国家磁浮交通工程技术研究中心（前身：上海磁浮交通工程技术研究中心）于2003年8月注册成立。同时，由科技部批复同意筹建国家磁浮交通工程技术研究中心，已于2005年3月正式通过科技部验收。
2012年7月，因
上海磁浮交通发展有限公司重组，中心依托单位变更为同济大学，建立理事会领导下的中心主任负责制。中心主要面向磁浮及轨道交通工程领域，拥有一支专业齐全、具有较强工程应用研究能力和丰富实践经验的技术队伍。
2024年8月，根据同济大学党委的统一部署，为促进大交通学科融合发展，经同济大学党委常委会研究决定，撤销同济大学交通运输工程学院，成立同济大学交通学院，磁浮中心在交通学院构架下相对独立运行。陈小鸿教授任磁浮中心主任，徐俊起教授、曾国锋教授任磁浮中心副主任。
国家磁浮交通工程技术研究中心的主要任务，是按国家要求建成四个基地，一个窗口。即：我国磁浮交通技术的研发基地、我国磁浮交通产品试验基地、磁浮交通产业化推广基地、磁浮交通技术人才培养基地；成为对外合作和技术咨询服务的窗口；并发展成为国家磁浮交通技术标准化与设备检测检验的国家委托执行机构。
国家磁浮交通工程技术研究中心结合上海磁浮示范线的建设，引进、消化、吸收并创新磁浮交通技术。并通过牵头承担国家“十五”863计划“高速磁浮交通技术研究”重大专项课题，实施磁浮交通技术国产化和创新，掌握核心技术，为磁浮交通技术标准研究奠定了技术基础。上海磁浮交通工程技术研究中心通过推进新的工程应用项目，建立和完善高速磁浮交通应用技术。同时实施标准先行战略，建立高速磁浮交通技术标准体系。在标准建设过程中，遵循技术专利化、专利标准化和标准国际化的技术路线，及时将自主创新的技术研究成果纳入标准。
国家863计划国防科技大学、
西南交通大学等全国20家科研院所和高校合作完成.研究成果已通过科技部组织的验收.