国家畜牧科技创新联盟将着眼于组织畜牧业科研、教学、企业等单位及专家开展科技协同创新，着重在动物资源与种业创制、畜禽营养与全产业链健康养殖、优质功能性畜禽产品生产等方面开展技术创新，强化基础研究，突破关键技术，加强集成示范，提高原始创新能力和创新水平，着力解决畜牧业发展全局性和区域性重大关键性技术问题，引导畜牧业健康可持续发展，最终实现我国畜牧科技整体实力进入世界先进行列。
为全面贯彻党的十九大精神，深入实施创新驱动发展战略，加强农业科技协同创新，按照国家农业科技创新联盟的整体部署和工作安排。2017年12月16日，
中国农业科学院北京畜牧兽医研究所在国家农业科技创新联盟框架下牵头成立了 “国家畜牧科技创新联盟”， 国家畜牧科技创新联盟成员由140家中央级研究所、省级科学院研究所（研究中心）、推广机构、高校和大型企业共同组建而成。