经党中央、国务院批准，国家清史纂修工程于2002年底全面启动。 2003年，中央编办批准成立清史纂修领导小组办公室，主要任务是：拟定纂修计划、方案和规章制度；承担纂修组织协调和宏观指导工作；负责纂修专项资金的管理与使用；组织编纂人员队伍；编写工作简报，落实编纂计划；组织考证、评议和出版工作，承担有关后续工作。

2004年，经国务院批准，清史纂修领导小组更名为国家清史纂修领导小组，原办公室也随之更名为国家清史纂修领导小组办公室（对外称中国国家清史纂修领导小组办公室），内设综合（人事）处、财务处、项目管理处、出版处、服务处。