自然资源部海岛研究中心设立于2012年8月，是中华人民共和国自然资源部直属正局级事业单位，为国家公益一类综合型海岛科学研究与业务支撑机构。

2011年6月，时任国家海洋局局长刘赐贵一行到平潭综合实验区调研，提出国家海洋局将依托国家海洋局第三海洋研究所在平潭设立海岛研究中心，建成立足平潭岛、服务海西和全国海岛的综合性海岛科研机构。11月，福建省海洋与渔业厅就此项工作进展向福建省委、省政府做专题汇报，时任省委书记孙春兰、副省长倪岳峰分别做出重要批示，要求地方政府协助做好相关工作。

2012年1月4日，时任国家海洋局副局长陈连增主持对建设海岛中心事项进行专题研究。2月13日，刘赐贵局长在贯彻落实《平潭综合实验区总体发展规划》座谈会上明确表示支持在平潭设立海岛中心。8月17日，海岛中心正式获中央编办批准设立。10月，原国家海洋局与福建省政府签订了《关于建设国家海洋局海岛研究中心的协议》，海岛中心建设与发展步入正轨。

2018年3月，根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案，将国家海洋局的职责整合，组建中华人民共和国自然资源部，不再保留国家海洋局。国家海洋局海岛研究中心相应转隶并更名为自然资源部海岛研究中心。

根据2024年2月中心官网数据，自然资源部海岛研究中心有员工50余人，其中正高级职称人员4人，副高级职称人员9人，中级职称人员17人；博士12人，硕士19人。

中国工程院院士：金翔龙（双聘）、张偲（双聘）

根据2024年2月中心官网数据，自然资源部海岛研究中心设有政策规划与国际合作处、调查登记与监测评估处、保护修复与防灾减灾处3个业务部门。

省部级科研平台：福建省海岛资源生态监测与保护利用重点实验室

根据2024年2月中心官网数据，自然资源部海岛研究中心参与编制了《全国生态岛礁工程“十三五”规划》《全国海岛保护工作“十三五”规划》《全国重要生态系统保护和修复重大工程总体规划（2021-2035年）》等国家级规划。提出了无居民海岛按照“清单式”进行管理的建议，被纳入国家“5级3类”国土空间规划体系；按照“两空间内部一红线”管理要求，提出了基于生态系统的全国无居民海岛分类分区方案、海岛用途分类及其管控规则，相关研究成果被纳入《省级海岸带综合保护与利用规划编制指南》（试行）等规范性文件。

截至2022年8月，自然资源部海岛研究中心为福建沿海地市成功申请4项海洋生态修复项目，开展了南方6省市33个项目的生态修复，获省部级特等奖1项，一等奖1项以及二等奖3项。

自然资源部海岛研究中心结合自身在海岛保护与管理、海岛生态修复与防灾减灾、海岛生态调查与监测等方面的优势，持续推进与全球岛屿国家（地区）相关机构的务实合作，先后与泰国、越南、马尔代夫、斯里兰卡、斐济、马耳他等国管理部门和研究机构建立了交流与合作关系，签署并有效执行多项合作协议。

中心组织实施了一系列国际和地区合作项目，获亚合资金、APEC基金以及部国际合作经费项目支持。每年举办海岛国际论坛等国际学术会议，筹办中国-岛屿国家海洋部长圆桌会议等高层论坛，建设典型海岛资源生态与可持续发展平台，与21世纪海上丝绸之路岛屿经济论坛、海南大学、中国（海南）改革发展研究院、加拿大爱德华王子岛大学负责人共同发起创建岛屿经济研究智库网络，并签署合作备忘录。举办亚太地区滨海湿地鸟类保护国际研讨会，发布《亚太地区滨海湿地鸟类保护•上海宣言》。编制《岛屿国家自然资源与可持续发展简报》及专题研究报告，为管理部门和中国-岛屿国家国际合作交流提供智力支持。

2014年9月22日，自然资源部海岛研究中心被列入海岛保护利用规划编制单位和海岛使用论证推荐单位。

自然资源部海岛研究中心标志融合了“国家、海洋、海岛、灯塔、资源、研究、权威、引领”等元素；以最能体现国家行政机关庄重和权威的圆形为基本形；在继承的基础上，大胆引入全新的“灯塔引航”理念，行业、权威等属性一目了然，也更加凸显了海岛中心创新、活力的品牌形象。本标志整体构图形象直观，简洁大方，易于识记。

标志主色彩采用海蓝和天蓝相结合，正黄点睛： 海蓝：象征着海洋和科技，由于其沉稳的特性，具有理智、准确的意象，所以也代表了权威和专业；天蓝：象征着天空的纯净天蓝，表现出一种包容、冷静、理智、安详与广阔。两种蓝色相辅相成，具有和谐、稳定的视觉美感；正黄：用象征权威的正黄“五星”突出海岛中心的国家属性，同时也与低调的蓝产生强烈对比，提升整体色彩的张力。

标志的外观构成及其蕴含的理念：灯塔：采用抽象的几何形体将“海岛中心”融入灯塔的结构，既贴切阐释了海岛中心的研究范围，又寓意中心在科研领域的高瞻远瞩，是行业的航标灯，是领域的引路人，是充分展现海岛中心文化，突显品牌精神的点睛之笔；岛屿：运用写意的手法勾勒的海岛轮廓，简练又极具艺术美感，形象展示了海岛中心的工作核心和研究范围；翻滚的海浪、游鱼及飞鸟：波涛汹涌的海浪构成了海洋，游鱼及飞鸟构成了丰富地海洋生物资源，寓意蓝色经济澎湃的活力；同时也折射出海岛研究工作的艰辛与挑战，更加彰显了海岛人乘风破浪，勇于开拓的精神。

发展宗旨：聚焦海岛、立足福建、面向全国、放眼全球