国家柑桔品种改良中心是中国农业科学院柑桔研究所的研究基地，中心依托西南农业大学研究院（原中国农业科学院柑桔研究所），由农业部国债项目投资1000万元于2002年开始建设，已基本建成并投入运行。中心拥有研究人员29人（其中高级职称9人），博士研究生2人，硕士研究生10多人。中心拥有高标准的实验室1000平方米，配备了完善的柑桔遗传育种和分子生物学等研究所需仪器设备；拥有现代化的育种圃250亩（包括育种材料保存圃、杂交育种圃、砧木育种圃、新品种展示园和新品种繁育圃等），智能化温网室2000多平方米。

中心致力于柑桔品种改良及相关领域研究，努力建成达到21世纪国际先进水平、能适应我国柑桔业可持续发展需要的国家级柑桔品种改良中心。中心主要从事柑桔常规选育种、辐射育种、分子育种（基因工程育种、细胞工程育种和分子标记辅助育种等）工作以及相关的分子生物学应用基础研究；拥有选种、杂交育种、辐射育种和生物技术育种材料近千份。中心今后主要将传统育种方法与现代生物技术结合，力争每5年推出适合我国柑桔产区栽培的优良柑桔新品种5－10个，并进行新品种的应用推广工作。