2012年6月，“国家文物局水下文化遗产保护中心”成立，负责组织实施全国水下文化遗产调查、发掘、研究和保护等工作。水下中心积极参与国家水下文化遗产保护南海基地、西沙工作站的建设工作。南海基地已经完成立项工作，正在进行基地选址；西沙工作站已完成各项前期工作，即将进入建造施工阶段。水下中心积极组织、参与水下文化遗产调查、发掘与科学保护，先后进行了“南澳Ⅰ号”明代沉船、“南海Ⅰ号”宋代沉船、浙江省宁波“小白礁一号”沉船遗址的发掘，以及湖北省丹江口库区水下考古调查、江西省鄱阳湖老爷庙水下文物调查、天津散花锚地沉船残存甲板调查、山东省青岛海域水下文化遗产调查、辽宁省丹东大鹿岛海域水下文化遗产调查等项目。

2012年6月13日，根据中央编办复字[2012]119号的批复，同意在中国文化遗产研究院加挂“国家文物局水下文化遗产保护中心”牌子，负责组织实施全国水下文化遗产调查、发掘、研究和保护等工作。新成立的国家文物局水下文化遗产保护中心（以下简称“水下中心”）在原中国文化遗产研究院国家水下文化遗产保护中心的基础上，人员、机构进一步得到扩大、多学科综合保护特色进一步得到突显、技术设备力量进一步得到提升，表明了国家大力发展水下文化遗产保护事业的决心，是国家对水下文化遗产保护事业进行统筹规划、管理的重要载体，也将是实现我国水下文化遗产保护事业跨越式发展的主要力量。

水下中心下设综合研究部、水下考古部、设备与技术保障部、出水文物科学保护实验室等部门，共有科研人员数十人，并先后在宁波、青岛、武汉、福建等地设立国家水下文化遗产保护基地，其中宁波基地已进入建造阶段，预计将于2013年建设完毕，2014年投入使用。

在国家文物局的指导下，水下中心组织编写了《国家水下文化遗产保护“十二五”规划》，作为未来五年的行业纲领性文件，逐步形成国家主导、地方参与，以沿海海域为主、适当兼顾内陆水域的水下文化遗产保护新格局。

组织编写了《水下考古操作规程》，总结订制可行的操作规程，较详细的规定了水下考古作业各个环节的作业标准，促进了我国水下文化遗产保护工作的科学化、规范化。

参与了1989年《中华人民共和国水下文物保护管理条例》修订工作，结合我国水下文化遗产保护工作的新形势与新需求，进行了针对性的调研并提供了若干修订意见。

国家文物局水下文化遗产保护中心2013年年会在中国文化遗产研究院召开。来自国家文物局、中国文化遗产研究院、国家文物局水下文化遗产保护中心（以下简称水下中心）、国家博物馆以及各相关省市的领导、专家50余人出席会议。国家文物局童明康副局长发表重要讲话。

童明康首先对工作给予充分肯定。他说，2012年是我国水下文化遗产保护事业蓬勃发展的一年，法制和规章制度建设取得新进展，多部委合作联动机制进一步加强，国家重点项目成绩显著，社会各界对水下文化遗产保护的关注度不断提升，机构建设取得实质性进展。各项工作稳步推进，成果丰硕，成绩斐然。他就水下考古和水下文化遗产保护工作谈了几点意见：第一，服从大局，形成合力，牢固树立“全国一盘棋”的工作思路；第二，依靠科技，突出学术，不断提升水下考古工作质量；第三，明确任务，落实责任，稳扎稳打做好2013年各项工作。

水下中心、国家博物馆、广东省文物考古研究所等单位就“南澳1号”沉船发掘等项目进行了重点汇报。与会代表围绕2012年我国水下考古的新进展和2013年全国水下考古工作计划展开了热烈讨论，并达成若干共识。

2018年11月6日，位于青岛市即墨区“蓝色硅谷”的国家文物局水下文化遗产保护中心北海基地正式启用。北海基地将作为集水下考古调查、勘探、发掘、保护、展示、研究、学术交流、人才培养于一体，统筹黄渤海海域，面向全国乃至世界的国家级水下文化遗产保护基地，将引领与推动黄渤海海域的水下文化遗产保护。同时，探索完善我国水下文化遗产保护工作管理模式，促进水下文化遗产保护事业的发展。

2019年2月25日，在位于山东青岛的国家文物局水下文化遗产保护中心北海基地，嘉宾为“山东大学教学科研基地”揭牌。