2011年开始进行重组建设，2012年底完成公司化改制，由全民所有制改为有限公司，成立
本溪国家中成药工程技术研究中心有限公司，依托单位为
华润三九医药股份有限公司、
辽宁华润本溪三药有限公司，注册资金2358万。技术依托单位为
中国中医科学院，
沈阳药科大学、
辽宁中医药大学等十余家大学和科研单位。现已形成集中成药研究、工程技术开发、人才培养、技术服务及成果转化为一体的新型中成药研发平台和产业化基地。
国家中成药工程技术研究中心拥有一批高级
专业技术人员，其中博士9人，硕士47人，高级职称26人。具有较强的自主研发能力，先后开发新药39个，授权发明专利36项，承担国家科技重大专项9项，部省级项目20余项。取得了十余项重大科研成果，其中“南药资源可持续开发利用的系列研究”项目荣获国家教育部科技进步一等奖，此外还获得多项辽宁省、广东省科技奖项。自主创新开发了8项实用中药工程技术及5项前瞻性技术，系列中成药研制开发、中药固体口服制剂、中药提取及过程化研究（在线监控）、中药GAP种植等技术处于国内先进水平。现已形成集中成药研究、工程技术开发、人才培养、技术服务及成果转化为一体的新型中成药研发平台和产业化基地。
国家中成药工程技术研究中心由本溪和深圳两个研究平台组成，本溪研究平台主要承担中药制药工程技术中试及产业转化研究，位于国家辽宁（本溪）生物医药科技产业基地。综合实验楼建筑面积6561㎡。功能包含制剂技术研究、植化研究、仪器分析、理化分析、
稳定性试验、图书情报、档案资料、学术交流等。中试提取车间建筑面积2000㎡，集成以动态多级逆流提取、多效浓缩和真空低温连续干燥等新型高效节能单元工艺装备，运用系统集成优化技术和生产过程参数优化控制技术，建立目前国内技术领先的集成化、管道化、模块化和数字化中药先进制造生产线。中试制剂车间建筑面积1200㎡，能够批量加工80～300kg包含片剂、胶囊剂、颗粒剂等固体制剂生产线，及喷雾剂生产线；建立微丸、缓控释、超微粉碎、自微乳、微囊制剂等现代制剂技术平台。
深圳研究平台主要承担中药制剂及质量控制技术创新研究，位于深圳观澜高技术产业园区。创新研发综合实验楼面积为10800㎡，包括中药植化分析、中药理化分析、中药栽培组学、高效液相分析检测、气相分析检测、红外光谱分析检测、薄层色谱分析、药物稳定性试验、制剂研究、微生物检测等实验室。大型仪器设备超过40台套，原值超过3000万元，实验条件达到国内领先水平，有力地促进了研发工作。制剂研究实验室位于综合实验楼一层，建筑面积1240㎡，能够开展中药常规口服制剂（片剂、胶囊剂、颗粒剂、液体制剂）、中药缓控释制剂、中药外用制剂（凝胶剂、软膏剂）等制剂技术创新研究。
国家中成药工程技术研究中心立足于中药现代化的发展方向和对行业的示范带动作用，在系列中成药开发方面取得了突出成就，获得感冒系列新药7项、乙肝系列药3项、痹症系列药3项、胃病系列药3项。通过解决制约中成药产业发展的关键技术，提升我国中成药产业的系统集成能力和竞争力，推动中药产业结构调整和优化升级。形成了以企业为主导，科研院为技术支持的中成药产业化工程化的研发基地和平台，在中成药行业内起到辐射和示范作用，为社会提供中成药开发技术服务，推动并促进我国中成药现代化战略的实施。
国家中成药工程技术研究中心以项目合作纽带，加强与国内、国际有志于中药现代化的企业、科研院所合作,以提高中成药科研水平为核心，以加强中成药工程技术现代化研究开发为重点，将国家中成药工程技术研究中心建成中成药科研成果和工程化成果的集散地和辐散源。