植物体由500～50000个以上细胞构成球形或卵形的定型群体或多细胞个体，直径0.5～1.5毫米。球体由1层细胞组成，细胞外被1层胶鞘，鞘与鞘相接；群体中央有一大的空腔，其中充满极稀的水样胶体；细胞卵形，在某些种类呈六边形 ，其结构略如1个
衣藻细胞，较小的一端朝外，各向外伸出1对鞭毛；细胞内有1个细胞核，1个
眼点，1个含有蛋白核的色素体，2个或更多的
伸缩泡；细胞与细胞之间常有在细胞分裂时保留的原生质丝的相连部分，有些种类细胞间相连部分较大，致使细胞呈星芒状（图1），另一些种类则在分裂中，并未留下任何相连部分；群体呈现极性，球的前一半细胞较小，眼点较大、全部均是
营养细胞；球体的后一半，细胞渐大，眼点渐小，有些
细胞分化成为生殖细胞。
无性生殖时由生殖胞分裂，并经过翻转过程产生似亲群体。在植物体后半部，有若干（2～50个）细胞，可以成为生殖细胞，名为生殖胞；生殖胞失去鞭毛，在胶鞘内长大，下降到细胞层之下，进行一系列的分裂，自分裂来的新细胞继续长大，有的生殖胞是先长得很大，然后快速连续进行分裂；分裂的方向都是与生殖胞纵轴平行的纵分裂。因为新细胞的前端较窄，后端较宽，故逐渐由1个弯曲平板变成1个空心球体，前端及其鞭毛均朝向中央的空腔，并在8个细胞时期，在表面某处留有1孔，称皿体孔。球达到一定大小时分裂终止并且自皿体孔发生翻转，球体即成为与母体相同但体积较小的似亲群体。母体死去，群体得以释出，有的种类，母体上有开孔，新群体由孔逸出。有时似亲群体尚未脱离母体，即进行无性生殖，产生了第三代个体（图2）。
团藻属依种类不同而有雌雄异体与雌雄同体之分。有性生殖是严格的卵配。生殖胞经过多次纵分裂，产生16～64个（有些种类是256～512个）精子，构成1个弯曲平板，细胞较小，彼此先不分开，整个平板可以游动。产生卵时，生殖胞不分裂，但体积增大，失去鞭毛，不能游动，沉落在中央空腔中。成堆的精子在卵四周表面游动，后来胶鞘溶开一孔，精子逸出，一个精子与一个卵受精。合子很快分泌产生厚壁，并常呈红色。母体腐烂后，合子沉于水底，经过休眠。合子有强的抗旱能力（图3）。
有性生殖的发生，与
L-谷氨酸有关。这是团藻消化糖蛋白时的产物，当一个水体中，团藻的个体增到极多，L-谷氨酸亦积累很多时，常即引起有性生殖。因此团藻常在临时小水体中出现，数量极多，又随干涸而暂时消失，但环境一旦好转，又即出现。合子在萌发时即进行减数分裂。依种类不同，产生1到数个有鞭毛的游泳细胞；每个游泳细胞进行与
无性生殖相类似的过程，发育成为新的定形群体。团藻有时也有
单性生殖。