为避南齐东昏侯萧宝卷讳，善卷改善权。唐武宗会昌年间（841-846）寺宇废圯，寺址为扬州海陵（今泰州市）钟离简占有。至咸通八年（867），大司空李蠙因未第时曾就读于寺内，见善权寺被人占据甚为愤慨，因此上奏皇帝愿自出俸金赎回寺产，获皇帝敕准后，李蠙出资修葺、重建善卷寺，李蠙有诗题于善权寺石壁。北宋崇宁时，善权寺称广教禅院。至明代时，复改为善权寺。南宋建炎元年（1127），宰相李纲出资重塑佛像，并写有《留题善权》。宝祐四年（1256），大学士李曾伯奏请拓修寺殿，同时请皇帝赐名。理宗皇帝敕准拓修并赐“报忠寺”匾额。
咸淳年间，李曾伯撰写了《善卷禅堂碑记》。南宋至明代，善权寺几经修葺，殿宇渐见完美，金碧辉煌，题写诗词碑记者甚多。明僧济川将历代文人墨客、廷臣名士对善卷禅寺所题诗词、歌赋、碑记辑为《善卷寺古今文录》，
文渊阁大学士王鳌、“吴中四大家”之一的文征明，分别为文录撰序。清初，康熙皇帝敕封善卷寺为“东南第一祖庭大觉普济能仁国师道场”。后因几经战火，主体殿宇被毁。
抗日战争时，因遭日军焚烧，寺宇成为一堆废墟瓦砾，仅存“华藏门”至今尚在。
善卷寺周围名胜古迹很多。寺侧有“英台阁”、“钟鼓楼”、“涌金亭”、“喜雨亭”、“龙眼亭”、“圆通阁”、“碧鲜庵”碑、“李司空山房”等。“江南多
古刹，善卷号最胜”（明王鳌《善权寺古今文录序》）。齐、梁陶弘景评价善卷奇景为“欲界仙都”。唐李蠙称颂为“万古灵迹”。唐张祜《游善权寺》诗云：“碧山南一寺，最胜是仙源；峻坂依岩壁，清流注洞门；金函崇宝藏，玉柱閟灵根；寄谢香林客，高踪不可援。”