商标合同纠纷是指当事人之间就商标的权利归属、转让、许可使用和商标代理等事宜所订立的合同而发生的纠纷。一般包括商标权转让合同纠纷、商标使用许可合同纠纷和商标代理合同纠纷。

商标权转让合同纠纷是指商标所有人与受让人就商标权的转让所订立的合同而发生的纠纷。

商标使用许可合同纠纷是指商标所有人与被许可人就商标的许可使用所订立的合同而发生的纠纷。商标使用许可合同包括独占使用许可合同、排他使用许可合同、普通使用许可合同。

商标代理合同纠纷是指商标所有人与商标代理人就办理商标注册申请及其他有关商标事宜所订立的合同而发生的纠纷。

(一)在商标权转让合同中，纠纷主要表现为

1．发生在转让人一方的违约

(1)没有按照合同约定的要求向受让人交付有关该注册商标的证件资料；

(2)所转让的商标权，由于超过有效期限未申请续展，被国家商标局依法注销等各种原因而归于无效；

(3)违反商标法的规定，对其在同一种或者类似商品上注册的相同或近似的商标没有一并转让；

(4)转让人在转让该注册商标之前已与第三人订有商标使用许可合同的，未经被许可人同意，!将该注册商标擅自转让；

(5)未按照商标法的规定向国家商标局办理商标注册转让手续。

2．发生在受让人一方的违约

(1)受让人不符合商标法规定的资格条件，即《商标法实施细则》第二条的规定；

(2)受让人没有按合同约定的条件(包括数额、币种、期限、地点、方式等)向转让人支付该注册商标转让价款；

(3)受让人使用该注册商标所生产的商品或提供的服务没有达到合同约定的质量要求。

(4)受让人未按照商标法的有关规定向国家商标局办理商标注册转让手续。

(二)在商标使用许可合同中，纠纷主要表现为

1．发生在许可人一方的违约

(1)许可人未经被许可人同意，将该注册商标擅自转让给合同外第三人；

(2)许可人对于该注册商标期限届满而不申请续展注册；

(3)许可人在该注册商标期限尚未届满时申请注销该商标，自动放弃该商标专用权；

(4)许可人未按合同约定的要求对被许可人的商品进行质量监督；

(5)许可人未根据商标法的规定，向当地工商行政机关和国家商标局办理备案手续。

2．发生在被许可人一方的违约

(1)被许可人不符合商标法规定的资格条件，即《商标法实施细则》第二条的规定；

(2)被许可人未按照合同约定的使用范围使用该注册商标。使用范围包括使用的期限，使用注册商标的商品或服务种类，使用该注册商标所生产的商品的销售范围等；

(3)被许可人没有按合同约定的条件(数额、币种、期限、地点或方式)向许可；人支付使用该注册商标的使用费；

(4)被许可人使用该注册商标生产的商品或提供的服务不符合合同约定的质量要求，或拒绝许可人对其质量进行监督检查；

(5)被许可人违反商标法的规定，在其使用该注册商标的商品上没有标明被许可人的名称和商品产地；

(6)被许可人未按商标法的规定，向当地工商行政管理机关和国家商标局办理备案手续。

根据我国《民法通则》，《商标法》等法律的规定，商标合同纠纷属于平等主体之间的财产关系争议，其解决方式可以采用调解、仲裁或诉讼的方式。这三种解决商标合同纠纷的方式各有其特点，所以，合同当事人在选择适用什么方式解决纠纷之前，必须先要明确这三种方式各自的要求、程序和法律效力。

商标合同纠纷要提交仲裁机构解决，合同当事人必须在商标合同中订有仲裁条款或在事后达成书面仲裁协议。仲裁裁决具有法律效力。

商标合同纠纷的调解可以分为民间调解、仲裁调解和诉讼调解三种，分别在当事人将合同纠纷提交仲裁或提起诉讼前、合同纠纷由仲裁机构仲裁过程中或合同纠纷由人民法院审理过程中发生。狭义的商标合同纠纷的调解仅指民间调解。民间调解达成的协议不具有法律上的强制执行力，但仲裁调解达成的协议或诉讼调解达成协议在依法制作法律文书生效后具有强制执行力，当事入必须履行协议内容。

商标合同纠纷的调解没有法定舶程序，但商标合同纠纷的仲裁或诉讼则必须严格依照仲裁法和民事诉讼法规定的程序进行，否则属于在程序上的不合法。

商标合同纠纷由仲裁机构仲裁后作出的裁决，一裁终裁，具有法律效力，当事人不自觉履行的，另一方当事人可以向有关人民法院申请强制执行。

商标合同纠纷由人民法院依法审理后，作出民事判决书，当事人可以在法定期限内向上一级法院上诉，实行二审终审。生效的民事裁判具有强制执行力，当事人应当自觉履行，不履行的，法院可以应一方当事人的申请或依职权采取措施，强制当事人履行裁判的内容。