这个研究所是由丹麦哥本哈根大学理论物理教授尼尔斯·玻尔于1921年3月倡导成立的，曾在量子理论尤其是量子力学方面的研究中作出了杰出的贡献，很快成为当时国际物理学的三大研究中心之一，被许多物理学家誉为“物理学界的朝拜圣地”和“量子力学的诞生地”。

它积极提倡科学上的国际合作，一些世界著名的物理学家都曾在这里工作、学习或讲学、访问。几十年来，哥本哈根理论物理研究所培养了600多名外国学者，其中很多人成为世界著名的科学家，获得诺贝尔奖金的就有10人以上。

这个研究所之所以能取得辉煌的成就，主要原因是这里有一种闻名于世的哥本哈根精神，即：谦虚、坦率、热烈、自由、平等的学术讨论和充分的国际合作精神。正是这种优良的精神品德，使他们成功地建立了世界的理论物理学派——哥本哈根学派。这个学派坚持从实验事实出发建立理论，并以实验结果检验理论的正确性，因而找到了解决量子力学问题的正确途径，建立了矩阵力学，发现了不确定理论，提出了量子力学的统计解释，为现代物理学的革命建立了功勋。

哥本哈根学派的成就不仅在于自身的学术讨论结果，还在于他们同以爱因斯坦为代表的科学大师们的尖锐论战。论战的结果还有待于物理学的进一步发展才能澄清，但这种不畏艰难，勇于坚持真理的精神就足以使玻尔和他的哥本哈根学派名载史册。

为了表彰玻尔对原子科学的贡献及其为丹麦带来的荣誉，丹麦国王破例授予他荣誉勋章。1965年，当玻尔80岁诞辰时，人们决定将哥本哈根理论物理研究所改名为尼尔斯·玻尔研究所，以示后人对他的永久景仰和怀念。