哈尔滨三联药业股份有限公司于1996年6月21日在哈尔滨市市场监督管理局登记成立。法定代表人秦剑飞。

1996年6月21日，哈尔滨三联药业股份有限公司成立。

2023年5月4日，哈三联发布公告，中国药科大学将PPAR（Peroxisome Proliferators Activated Receptors过氧化物酶体增殖物激活受体）激动剂的相关专利权、专利申请权以及技术成果转让给哈三联，进行全球范围内的独占性开发、生产和商业化。

2024年1月，哈尔滨三联药业股份有限公司发生工商变更，公司注册资本由31656.005万元变为31639.005000万元。

包括按药品生产许可证核定范围开展经营活动（药品生产许可证有效期至2020年12月31日）等。

2024年10月24日，哈三联发布2024年三季度报告。前三季度，公司实现营业收入8.39亿元，同比下降9.10%；归属于上市公司股东的净利润4058.28万元，同比下降32.50%。其中，第三季度实现营收3.15亿元，同比增长10.46%；归母净利润1431.16万元，同比增长80.36%。

2019年7月15日，哈尔滨三联药业位列“2018年度中国化药企业TOP100排行榜”第64位。

2021年12月，入选黑龙江省企业联合会发布的“2021黑龙江民营企业100强”名单。

2022年1月28日，国家发展改革委等部门关于印发2021年（第28批）新认定及全部国家企业技术中心名单的通知显示：该企业技术中心具有国家企业技术中心资格。