周文郁本为
周延儒的家奴，他也称周延儒为“家大学士”。周文郁长得很高，胡须很美，喜欢读书，好谈文武大略。天启二年（1622年），大学士
孙承宗出关督师，他前去谒见，提议收复南四卫（金、复、盖、海）。孙承宗对他十分赏识，称之为紫髯将军，留在自己幕府，参与谋议。
天启七年（1627年），后金攻朝鲜，七月，周文郁以游击身份出援朝鲜。当时朝鲜义州还有后金军，九月，周文郁与
黄龙等在东江总兵
毛文龙的指挥下参加了袭击从义州的回国后金军的作战，据说取得胜利。返回时在
獐子岛翻船，侥幸逃生（他自称有神人相救）。
崇祯二年（1629年）冬，
己巳之变爆发，周文郁随督师
袁崇焕入援，并在
广渠门大战后金军。十二月初一日，袁崇焕被捕下狱，
祖大寿率关宁军东奔，接替袁崇焕的孙承宗任命周文郁为军前赞画，并派他劝回祖大寿。翌年三月，又让他和
茅元仪、
陈继盛统龙武中、左、右协兵前往
皮岛，牵制后金。中协兵哗变，周文郁被任命为中协副总兵，兼摄左、右两协，行至
觉华岛时，皮岛发生兵变，
刘兴治杀陈继盛，盘踞东江镇。周文郁在
小平岛与刘兴治交涉，使刘兴治暂时接受招安。据说内阁首辅周延儒对周文郁没给他行贿不满，便以避同姓之嫌为借口，不给他叙功。
崇祯五年（1632年）二月，周文郁率天津水师一千六百人赴山东登莱镇压
孔有德叛乱。
孔有德、
耿仲明最终逃到后金，周文郁因而被革职
听勘。