正德十五年(1520),因父亲去世回家守孝。期满后,改任北京道监察御使。在此期间,他认真履行职责,鞭挞贪官,褒扬清官,政绩卓著,被提拔为福建按察司副使,后任陕西肃州兵备。两年后,升任陕西布政司,不久提升为云南按察使。
嘉靖十六年(1537)四月,调任都察院右佥都御使巡抚宁夏。宁夏,是明朝的边陲府镇,每年冬天,黄河封冻时,东蒙古族鞑靼,就常常乘夜间越过黄河,侵袭宁夏。吴铠的前任巡抚,采取设伏兵、筑建堡垒等方法进行防御,都没有成功。吴铠任巡抚后,采取断然措施,委派都指挥使吕仲良修筑了镇河堡,阻断了鞑靼侵袭的路线,安定了地方。吴铠还非常重视军民的教育。在位期间,修建了宁夏历史上有名的“东号”(儒学学生宿舍),选拔军卫子弟中的优秀者汇集到儒学学宫读书,为中国传统文化在少数民族聚居地的传播做出了突出贡献。
其曾祖父吴大公原系江西南昌人,明初曾在扬州当过将领,明成祖
朱棣即位后,诛杀建文朝文臣武将,吴氏宗族多被杀戮。吴铠的曾祖父只身逃亡,避地阳谷,娶妻成家,生四子。次子吴英,时称隐翁,即吴铠祖父。铠父吴澄,字源洁,号坦轩,先入学为生员,后为辽阳(今属辽宁)地方官署属员,遇有边警,乃仗剑从征,因功授山海仓(今河北秦皇岛市)巡检,后告病归里,家居30年,于明武宗正德十五年(1520)去世。
吴铠爱文喜诗,清
康熙十二年编《阳谷县志》,收录他的《盟台遗响》、《阿井胶泉》、《谷山春晓》、《七级古渡》等咏阳谷名胜古迹诗多首。其墓在阳谷西关。