吴琦，男，1969年1月出生，中共党员，大学文化，学士学位。毕业于黑龙江大学汉语语言文学专业。

曾任哈尔滨市商业委员会办公室秘书，哈尔滨市纺织品公司秘书、助理经济师，哈尔滨市热电开发办公室秘书，哈尔滨市计委团委书记，哈尔滨市计委机关党委主任科员，哈尔滨市计委机关纪委副书记（副处级），哈尔滨市发改委机关纪委副书记，哈尔滨市发改委机关党委专职副书记（正处级），哈尔滨市发改委办公室主任，哈尔滨市发改委总经济师，哈尔滨市发改委总工程师，哈尔滨市国家项目评审中心（市国际工程咨询中心）副主任。

现任哈尔滨投资集团有限责任公司党委副书记。

2013年4月，拟提名为市国家投资项目评审中心（市国际工程咨询中心）副主任。