清河(今淮安)人。昆田早年师从山阳高士魁、丁晏,成人后又到车桥拜入潘德舆门下。道光十四年(1834)顺天乡试举人,授中书舍人。咸丰八年(1858)任刑部河南司员外郎。咸丰十年(1860)主持清河县北部团练与太平军对抗。晚年主讲于清河书院。平生以朋友为性命,提携后进青年如子弟。人称孝文诚笃,尊师敬友,乐育博施。著作多毁于战乱中。所传《
漱六山房全集》收诗四卷、札记二卷、《师友记》一卷。其诗多人值朝廷纪事之作及与朋友应酬之作。其文多当时文人传记。因大兴庄有他家的田,从昆田起始迁居吴城大兴庄,他的后世子孙皆在大兴庄,所以他也是大兴庄人。在老辈文人凋谢之后,吴昆田成为当时绩学名人,地方上修志都请他出山。他主持或参与修纂的方志有光绪《淮安府志》、咸丰《清河县志》、同治《山阳县志》、光绪《安东县志》等。