吴乃仁曾是台湾民主进步党新潮流系内，与
邱义仁、
林浊水、
洪奇昌等量齐观的四位大老之一，也曾是民进党的金主。接任民进党秘书长的“新潮流”大老吴乃仁，所引发的争议不仅在党内派系利益上，连“高检署”特侦组侦办扁案，都不小心扫到吴乃仁。
毕业于东海大学经济系，
政治大学康宁祥为首的主流派，支持“美丽岛”系人士参选。1984年辞去编辑职务，与
邱义仁创办《新潮流》杂志，并参与创立“党外编辑作家联谊会”(编联会)。 1985年任“党外选举中央后援会”召集人。民进党中央常务委员。曾任“新潮流系”召集人。后任民进党中央党部秘书长，于陈水扁执政后曾担任众多公职。2006年中，他辞去台湾证券交易所主委职务，并在访问中声称在两岸关系上与邱义仁有不同观点。报导指出，吴乃仁由于身世与工作因素，较能体会台商立场与台湾经济的需要，因此在通航等议题上较为弹性。
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《壹周刊》报道，特侦组清查扁家资金，发现吴乃仁与中华开发金控总经理辜仲莹、力麒建设前董事长郭铨庆及泰伟电子监察人廖应富有巨额资金往来。辜仲莹是利用海外公司帮吴乃仁投资理财，吴乃仁还强调，辜仲莹特别推荐投资是“稳赚不赔”，至于郭铨庆及廖应富，则是分别借了新台币1千万元给吴乃仁，均不计利息；诡异的是，借钱的资金全用人头帐户。
去年10月31日、特侦组检察官越方如侦讯辜仲莹的笔录，辜仲莹除了替吴淑珍理财外，还帮过吴乃仁。检察官好奇地问:“为何帮吴乃仁理财？”辜仲莹答得巧妙:“原因也是一样的，他也是特殊的重要人物。”当时吴乃仁是台糖董事长。
辜仲莹说:“有一次我们在一起聊到此事，他就说要请我帮他投资。”但吴乃仁却告诉检察官是辜仲莹主动推荐投资，“而且把投资案说得很好，稳赚不赔，所以我才投资的。”二人说词明显不符，辜仲莹还很紧张地跟检方解释:“我们这行不可能会去说稳赚不赔。”
只是，辜仲莹仅为
吴淑珍、吴乃仁理财，却对理财情况交代不清，为此还被检察官调侃:“为何你总共只为两个人亲自处理投资理财的事情，而你却对实际的投资内容没有印象？”
吴乃仁除了有辜仲莹帮他做稳赚不赔的理财外，“好康”的事情不止这一桩，特侦组查到郭铨庆和廖应富透过人头各汇了1千万元给吴，但吴乃仁和郭铨庆到案时，都说这一笔钱是“借款”，只是借了2千万元免利息，还大费周张透过人头转汇，虽然2年后突然还款，但检察官仍百思不解。